馬拉色菌毛囊炎的的治療方法應該是具體情況而定。量去除誘因，停用糖皮質激素或抗生素，治療原則與花斑癬相同。本病容易復發，複發率在百分之五十以上，原因與皮膚免疫功能低下和皮膚油脂分泌過剩有關，在治療時，除進行抗真菌治療外，需同時使用調節免疫的藥物。如果反覆發作，則應該加以重視到醫院就醫。
①儘量去除誘因，停用糖皮質激素或抗生素。治療原則與花斑癬相同，以外抗真菌藥物爲主，可選擇50%丙二醇、咪唑類及n丙烯胺類霜劑或溶液、5%-10%硫磺軟膏等。應將藥物在受累毛囊表面輕揉以促進其滲入毛囊內。也可用含硫化硒或2%酮康唑洗劑，保留15-20分鐘後再清洗。
②本病容易復發，複發率在百分之五十以上，原因與皮膚免疫功能低下和皮膚油脂分泌過剩有關，在治療時，除進行抗真菌治療外（抗真菌治療口服藥物，最優先考慮酮康唑，其次爲伊曲康唑（均需檢查肝功能）。外用藥需選用滲透性強的藥物，最好聯苯苄唑，其次爲環丙酮胺和益康唑，中藥洗液比如潔爾陰等效果也很好，外用藥需交替使用，以防止產生抗藥性。）同時使用調節免疫的藥物，比如大劑量口服胸腺肽等（須在醫生指導下進行），還需要減少皮膚油脂分泌，皮脂腺分泌旺盛，多與患者本身雄激素分泌旺盛有關（雄激素睾酮和二氫睾酮是皮脂腺生成和分泌皮脂的主要原因），可口服一些抗雄激素類藥物，比如螺內酯，西咪替丁（男性須在醫生指導下進行，因爲此兩種藥極少數情況下會引起暫時性的陽痿），女性也可以選擇達英35，也可選擇阻礙皮脂腺生成的藥物，如維胺脂和泰爾絲。
③如果患者反覆復發，則需考慮是否存在引起雄激素過多的其他病症，如多囊卵巢綜合症、柯興綜合症等，需做血液或者CT、MRI檢查，以進一步確診。
