灰指甲一般是由皮膚癬菌和非皮膚癬菌等真菌感染引起的甲病，其中約有一半以上的患者是由皮膚癬菌感染而引起的，這類患者治癒率較高，可達到90%。
可引起灰指甲的真菌有很多種，比較常見的是紅色毛癬菌、石膏樣毛癬菌、絮狀表皮癬菌等。白色念珠菌、黃麴黴菌、薰煙色麴黴菌常發生在甲營養不良的情況下。許蘭毛癬菌、紫色毛癬菌、斷髮毛癬菌、玫瑰色毛癬菌及同心性毛癬菌也可致甲癬。這些真菌就存在於我們生活的環境中，它們喜歡在溫暖潮溼的環境中大量繁殖，如土壤、浴池、遊泳池的地面，以及動物和人體的身上。
灰指甲很常見，常繼發於手、足癬或其他真菌病。真菌感染甲周圍的皮膚角質層，然後逐漸蔓延到甲牀、甲板，從而引起灰指甲。灰指甲多數從甲的遊離端或兩側開始，早期在甲板上先出現白色或乳白色的小點，然後延伸成片，在逐漸慢慢擴展，直至累及整個甲板。甲板會出現變色、變形、增厚、失去光澤、局部凹陷或隆起。如果真菌侵犯了甲板下的甲牀，甲的質地就會便得鬆散，變成了充填碎屑的蟲蛀狀。
