灰指甲的致病菌主要分爲三大類，這些致病菌對疾病的影響比例隨着地理條件、氣候、人類的生活習慣不同，有很大的差別。在我國，皮膚癬菌是最常見的致病菌，可謂是灰指甲的“罪魁禍首”。由於真菌感染很難根除，患者一旦染上灰指甲，一定要去專業的皮膚醫院接受診斷和治療。
1.皮膚癬菌的種類
皮膚癬菌可分爲毛癬菌屬、小孢子菌屬和絮狀表皮癬菌屬，皮膚癬菌屬中最常治病的是紅色毛癬菌、石膏樣毛癬菌和絮狀表皮癬菌，其中以紅色毛癬菌引起的灰指甲最爲常見。其它還有許多較少引起指（趾）甲感染的真菌，諸如：許蘭毛癬菌、紫色毛癬菌、斷髮毛癬菌、玫瑰色毛癬菌、同心性毛癬菌、石膏樣小孢子菌、羊毛樣小孢子菌、豬小孢子菌等。
2.皮膚癬菌的感染途徑
皮膚癬菌要侵入指（趾）甲往往會採取“迂迴包抄”的攻擊形式，通常灰指甲患者都是先患手足癬，然後再慢慢向灰指甲靠攏。這實際就是皮膚癬菌的一種“作戰”方式，它們首先會侵入甲周圍的皮膚，然後通過指（趾）甲的生長演變逐漸侵入甲板內，並進一步生長和繁殖直到破壞整個甲板。皮膚癬菌入侵指（趾）甲的途徑一般有兩個：（1）由於甲溝處的角化物較爲鬆軟，真菌通常會從甲溝處侵入，從甲板深層向甲根基部生長；（2）真菌先附着於甲板上，再裝過甲上皮，其真菌絲朝向甲根基部生長。
