一旦艾滋病病毒進入了人類的身體，它就附着於一種叫做CD4也叫做T4細胞的白細胞中，它們是機體內對抗疾病的主要的戰士。當出現感染時，CD4細胞會主導對抗感染的戰役，以防止機體生病。這種細胞的損壞，會影響人體對抗疾病的能力和整體的健康。
當艾滋病病毒在CD4細胞裏有了立足處之後，會把自己的RNA注射到細胞中。RNA會在附着在寄主細胞的DNA上面並且成爲細胞的一部分遺傳物質，實質上是接管了細胞。利用細胞的分裂機制，病毒開始複製並生產出無數個自己的副本。然後這些細胞會進入血液循環，附着在其它的CD4細胞上繼續複製。結果就是，血液中的病毒數會增加而CD4細胞會減少。
因爲上述過程，在剛剛感染後，感染者的病毒載量會非常高而CD4的數量會很低。但是很快機體的免疫系統會製造更多的CD4細胞全力以赴的對抗病毒。許多病毒會被從血液中清除。爲了應對迅速複製的病毒，每天會產生數以億計的CD4細胞，但是病毒也會以相同的比例增長。病毒和CD4細胞之間的戰役會在即使感染者沒有症狀的時候持續下去。
但是幾年，十幾年或更多年之後，當體內的病毒數量增長到非常高的水平時，醫學教育|網蒐集整理身體的免疫系統很難再持續戰鬥。天平開始向病毒傾斜，而人體開始變得容易被各種疾病所感染。這些感染稱作機會性感染，因爲它們是利用免疫系統虛弱的機會而乘虛而入的。在這個階段，每毫升的CD4細胞的數量（叫做CD4計數）健康人大概是在500到1500個的範圍，對於感染者會降低到200個以下。而這個階段血液中的病毒載量則會非常高。
機會性感染是由細菌、病毒、真菌和寄生蟲引起的。一些對HIV感染者常見的機會性感染有：
1、結核分歧桿菌（MAC）
2、結核病
3、沙門氏菌病
4、桿菌血管瘤病（由細菌引起的）
5、鉅細胞感染
6、病毒性肝炎、皰疹
7、人類乳頭瘤病毒（HPV）
-進行性多竈性白質腦病（PM-）（由病毒引起的）
8、念珠菌病
9、隱球菌腦膜炎（由真菌類引起的）
10、卡式肺囊蟲肺炎（有寄生蟲引起的）
11、HIV感染者還可能會的腫瘤，如卡波希肉瘤和淋巴瘤
世界衛生組織和中國疾病預防控制中心列出了一系列艾滋病相關的疾病。當出現這些疾病的時候，就說明HIV感染者已經進入到HIV感染的後期階段並且發展成爲了艾滋病。HIV感染者發展成爲艾滋病人的進程是高度個人化的。有些人會是5年左右，而有些人則可能是十幾年。對病毒載量和CD4計數的測量可以幫助醫生評估一個感染者的健康狀況。
