免疫抑制劑可抑制機體異常的免疫反應，是目前治療重症肌無力的常用藥物，以下爲臨牀常用的三種免疫抑制劑。
1.腎上腺皮質激素
重症肌無力是一種自身免疫性疾病，腎上腎皮質激素是治療自身免疫性疾病的常用藥物，目前國內一般採用大劑量衝擊療法，中劑量衝擊、小劑量維持療法兩種療法治療重症肌無力，有研究證實，腎上腺皮質激素是胸腺細胞凋亡的誘導劑，能在體內、體外誘導胸腺細胞凋亡。
2.硫唑嘌呤
梳唑嘌呤是一種非特異性免疫抑制劑，可抑制DNA、RNA及蛋白質合成，從而抑制基因複製與T細胞活化，起到治療重症肌無力的作用。適應證：使用腎上腺皮質激素而需減量者;不良反應：中性粒細胞減少症、肝功能異常等。有研究表明，長期應用硫唑嘌呤有增加惡性腫瘤發生的危險。
3.環磷酰胺
環磷酰胺爲氮芥與磷酰胺基結合而成的化合物，是臨牀常用的烷化劑類免疫抑制劑。可用於治療各種自身免疫性疾病，一般在2個月內症狀開始改善，5年後減小劑量維持並長期服用。適應證：只用於其他MG治療藥物無效者或不能耐受者;不良反應：白細胞減少症、脫髮、出血性膀胱炎等。
4.環孢菌素A
環孢菌素A主要用於肝、腎以及心臟移植的抗排異反應，可與腎上腺皮質激素同用，也可用於一些免疫性疾病的治療。不良反應：血清肌酐升高、高血壓、流行性感冒樣症狀等。
