甲胎蛋白是檢測肝癌的一項可靠指標，但是甲胎蛋白升高就是肝癌嗎?答案不是肯定的，因爲引起甲胎蛋白升高的原因很多：有時候一時性升高的是孕婦常見，見於孕婦和胎兒的甲胎蛋白一次性升高;此外，實質性的增高除了肝癌外，還可見於多種肝炎。
甲胎蛋白的確是診斷肝癌的一項重要指標，但並非只要出現甲胎蛋白陽性，就可確診爲肝癌。
確診肝癌一定要動態觀察甲胎蛋白含量的變化，如果連續1個月以上時間，甲胎蛋白含量檢測結果一直大於400μg/L，則應高度懷疑肝癌可能，再結合影像學檢查(B超、CT及磁共振成像等)便可確診。如果甲胎蛋白一過性升高或輕度升高，不一定就是肝癌。
有研究報道，幾乎所有肝炎病人血清甲胎蛋白都有升高，大多數病人在肝功能恢復正常時，甲胎蛋白卻達高峯。這一發現提示，甲胎蛋白的產生爲肝細胞修復新生所引起，急性肝炎病人如轉氨酶開始下降，肝細胞轉入修復期時，甲胎蛋白的濃度最高，於達到高峯後才逐漸下降乃至消失。
一般肝炎患者甲胎蛋白的升高持續時間不長，但在轉氨酶恢復正常後，不但不下降而明顯升高時，應注意有癌變的可能。
綜上所述，甲胎蛋白檢測異常，並非都是肝癌。甲胎蛋白檢測正常也不能絕對排除肝癌。需對甲胎蛋白動態分析，同時輔以B超等影像學檢查。
