根據患者有不潔性接觸史，尿道炎症狀較淋病輕，分泌物檢查找不到淋球菌，高倍鏡下（400X）白細胞10～15個以上，油鏡下（1000X）白細胞5個以上即可初步診斷，有條件者可應用熒光標記的單克隆抗體（直接熒光抗體法）檢測上皮細胞內的衣原體包涵體，或應用多聚酶鏈式反應（PCR）檢測衣原體和支原體DNA，衣原體和支原體培養進一步確診。
1、尿道分泌物塗片及培養排除淋球菌、念珠菌及其他細菌感染。塗片有大量白細胞，10-15個以上/400倍，5個以上/1000倍顯微鏡檢。
2、尿道分泌物或宮頸刮片，單克隆衣原體熒光抗體檢查或培養。標本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，輕輕旋轉5s，放置2- 3s，然後取出培養。
3、女性用窺陰器充分露暴宮頸，第一根拭子將宮頸表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宮頸1-2cm，旋轉10s，停2-3s，取出拭子，不要碰陰道壁。
