由於非淋菌性尿道炎本來症狀即輕，治療後症狀就更不明顯了，但不能認爲本病已經治癒。也有的患者經治療後，大夫告訴他已經治癒，但患者仍有一些不適症狀。這兩種情況都令人迷惑，怎樣才能算治療呢？判定非淋菌性尿道炎治療的標準既不能完全根據症狀，也不能不考慮患者的自覺症狀。沒有症狀如化驗檢查證明仍有衣原體或支原體，也說明病情未得到控制。而患者有不適的症狀，經至少3次化驗檢查證明均爲陰性，可以說已經治癒。治癒結束一週應隨訪複查。
治療標準：
1、臨牀症狀消失1周以上，尿道無分泌物，或分泌物中白紅胞≤4個/100倍顯微鏡。
2、尿液澄清，沉渣鏡檢陰性。
3、尿道（宮頸）標本衣原體、支原體檢查陰性（有條件時）。
