心衰時，擴張且低動力的心腔，以及促凝因子活性的增高可能有較高血栓栓塞事件危險，臨牀研究提示，心衰時血栓栓塞事件的年發生率大約在1%-3%左右。目前幾乎沒有證據證實抗血栓藥物可以減少心力衰竭死亡危險或血管事件的發生，幾項回顧性的分析也未得到一致意見。但是房顫必須使用抗血栓治療，另外心肌梗死前使用阿司匹林或口服抗凝藥物可作爲二級預防治療。心力衰竭採用抗血栓治療的隨機對照研究證據很少，並未顯示出有無抗血栓治療以及不同抗血栓治療之前的結果差異。阿司匹林和ACE抑制劑合用可能存在不良的相互作用。總之，因爲缺乏結論性證據，對於竇性心律的心力衰竭病人長期採用抗血小板或抗凝治療是不恰當的。
許多失代償期心力衰竭病人需要住院及臥牀休息。隨機對照研究證實這些病人使用低分子肝素可以減少深靜脈血栓的發生，至少在大劑量使用時有效。目前的研究尚未證實該治療可以減少肺梗死的發生，儘管有降低死亡率的趨勢（該死亡率可能與肺梗死有關）。目前尚無使用普通肝素以及使用或不使用肝素的對照研究。嚴重心力衰竭臥牀的病人應當預防性使用低分子肝素。
有關心衰時的抗凝治療可參照下列原則：（1）心衰伴房顫，心衰伴過去血栓栓塞史，這些患者必須長期抗凝治療，可常規方法口服華法令，並調整劑量，使INR保持在2-3之間。還可以配合中藥通心絡膠囊降脂抗凝，抑制血栓形成。（2）極低EF值、左室室壁瘤、顯著心腔擴大、心腔內有血栓存在，這些指標在評估血栓栓塞危險中的意義尚未明確，也缺乏長期抗凝價值的評價。但有些醫師對上述情況仍給予抗凝治療以預防可能發生的血栓栓塞事件。（3）抗血小板治療常用於預防冠狀動脈事件，但尚無對心力衰竭本身的適應徵。
