降脂藥物大量長期使用有一定的不良反應，但研究表明，長時間5年以上應用大體上是安全的。
大多數病人對煙酸及消膽胺多耐受良好。他汀類主要副作用爲肝功能異常和肌病，因此需定期(3～6個月)監測肝臟的酶和血清肌酸磷酸激酶(CPK)。
但實際上，藥物引起肝功能及CPK異常的發生率很低，且一般輕微，停藥或減量後一般即恢復。
貝特類最常見的不良反應爲胃腸道反應，其中有的可致結石，故膽結石或膽囊病者禁忌。
消膽胺與貝特類聯用，以及他汀類藥物與煙酸合用均屬安全有效。貝特類與他汀類合用雖也十分有效，但偶有發生肌病和橫紋肌溶解的危險。
在必須使用他汀類時，最好選氟代他汀或西立伐他汀，因其代謝酶爲雙酶系代謝，與其他他汀類藥物不同。
或者他汀類晚服，而貝特類晨服，隔開時間，避免同時使用時代謝酶P 450 3A4導致他汀類誘發肌病、肌溶解。
Ⅰ型、Ⅴ型高脂血症，甘油三酯(TG)＞11.3毫摩爾/升，需立即加服大劑量貝特類，也可加服魚油製劑。
