由於此前在廣州舉行的馬拉松比賽中出現選手猝死，因此北馬組委會特別加強了醫療保障措施。
組委會在賽道旁每隔5公里就設立一個醫療點。跑步路線上每隔100米就有一名志願者，專門協助醫療救護、維護秩序，另外還有急救車一路跟隨參賽者。每個醫療站均配備簡易呼吸器、心電圖機、除顫器等設備，另有搶救藥品、糖水、鹽水、外傷用藥、棉被、紙杯等物品。賽道沿途，組委會還聯繫了多家醫院提供醫療救助。
由於天氣寒冷，不少參賽者出現了肌肉拉傷，附近醫療站和急救車對身體不適者進行了及時救治。據瞭解，北京市急救中心共處置傷病員1037人，共有965人肌肉拉傷，24人肌肉痙攣，12人擦傷，5人低血糖，一人暈厥（經處置後繼續比賽），24人體力不支（包括一名現場觀衆），5人腹痛，1人外傷。值得一提的是，接受治療的人中有兩名運動員，一人頭皮裂傷，一人下肢疼痛。
