臨牀上用於治療腹瀉的藥物有許多種，包括止瀉藥、抗生素、腸道菌羣調節劑等。它們的作用各異，治療時需正確選擇，以達到最佳的效果。
止瀉藥 如思密達、易蒙停等，主要作用於腸內壁，可以減慢腸蠕動、延長腸內容物停留時間，使腹瀉得到緩解。顧名思義，此類藥物的作用只是止瀉，糾正的是症狀，至於 原因可以不管。所以，任何原因造成的腹瀉均可使用，但是治標不治本，症狀一經消除，就要停止使用，超時服用就會造成便祕。
抗生素 如氟哌酸、瀉利停等，使用這類藥物的前提是有細菌感染，對於細菌性腹瀉，正確使用可以完全治癒。但現在使用的都是廣譜抗生素，使用時間過長，不但腹瀉糾正 不了，反而會加重。這是因爲藥物抗菌譜過廣殺滅了正常菌羣，造成了腸道菌羣失調，又重新導致腹瀉。此時就需要第三類藥物來加入治療方案了。
腸道菌羣調節劑：如整腸生、培菲康等，這是一些對人體有益的活菌，進入腸道後可重建宿主腸道菌羣間的微生態平衡，以治療內源和外源微生物引起的腸道感染。但是大劑量使用時也可造成便祕。它還有個弱點是害怕抗生素，所以服用時必須與抗生素間隔2～4小時。
腹瀉飲食原則
1.急性腹瀉
①急性期禁食：急性水瀉期需暫時禁食，使腸道完全休息。必要時由靜脈輸液，以防失水過多而脫水。
②補充維生素：注意複合維生素B和維生素C補充，如鮮桔汁、果汁、番茄汁、菜湯等。
③飲食禁忌：禁酒，忌肥肉，堅硬及含粗纖維多的蔬菜、生冷瓜果，油脂多的點心及冷飲等。
④清淡流質飲食：不需禁食者，發病初宜給清淡流質飲食。如蛋白水、果汁、米湯、薄面湯等，以成爲主。早期禁牛奶、蔗糖等易產氣的流質飲食。有些患者對牛奶不適應，服牛奶後常加重腹瀉。
⑤根據病情調整飲食：排便次數減少，症狀緩解後改爲低脂流質飲食，或低脂少渣、細軟易消化的半流質飲食，如大米粥、藕粉、爛麪條、面片等。
⑥飲食選擇：腹瀉基本停止後，可供給低脂少渣半流質飲食或軟食。少量多餐，以利於消化;如麪條、粥、饅頭、爛米飯、瘦肉泥等。仍應適當限制含粗纖維多的蔬菜水果等，以後逐漸過渡到普食。
2.慢性腹瀉
①低脂少渣飲食：每天脂肪40g左右，過多不易消化並加重胃腸道負擔，刺激胃腸蠕動加重腹瀉。故植物油也應限制，並注意烹調方法，以蒸、煮、氽、燴、燒 等爲主，禁用油煎炸、爆炒、滑溜等。可用食物有瘦肉、雞、蝦、魚、豆製品等。注意少渣，粗纖維多的食物能刺激腸蠕動，使腹瀉加重，當腹瀉次數多時最好暫時 不吃或儘量少吃蔬菜和水果，可給予鮮果汁、番茄汁以補充維生素：少渣飲食可減少腸蠕動、減輕腹瀉，故宜進食細掛麪、粥、爛飯等。
②高蛋 白高熱能：慢性腹瀉病程長，常反覆發作，影響食物消化吸收，並造成體內貯存的熱能消耗。爲改善營養狀況，應給予高蛋白高熱能飲食，並用逐漸加量的方法，如 增加過快，營養素不能完全吸收，反而可能加重胃腸道負擔。可供給蛋白質100g/d左右，熱能2500～300千卡。
③禁忌食物：如粗糧、生冷瓜果、冷拌萊等，含粗纖維多的韭菜、芹菜、榨菜等;堅硬不易消化的肉類如火腿、香腸、醃肉等;刺激性食物如辣椒、烈酒、芥末、辣椒粉，以及肥肉、油酥點心等高脂肪食物。
