葡萄胎的水泡樣組織已超過子宮腔範圍，侵入子宮肌層深部或在其他部位發生轉移者，稱爲惡性葡萄胎。發生的機會爲5%～20%的葡萄胎惡變成惡性葡萄胎或絨毛膜癌，多數在葡萄胎清除後6個月內發生，但亦有葡萄胎未排出之前就發生惡變者。惡性葡萄胎雖具有惡性腫瘤特點，但治療效果及預後均較絨毛膜癌爲好。
惡性葡萄胎與一些疾病易混淆
1、流產：葡萄胎病史與先兆流產相似，容易混淆、先兆流產有停經、陰道流血及腹痛等症狀，妊娠實驗陽性。但葡萄胎時多數子宮大於相應孕周的正常妊娠，HCG水平持續高值，B型超聲圖像不見胎囊及胎心搏動，而顯示葡萄胎特點。
2、雙胎妊娠：子宮大於相應孕周的正常單胎妊娠，HCG水平也略高於正常，可與葡萄胎相混淆，但雙胎妊娠無陰道流血，B型超聲檢查可以確診。
3、羊水過多：一般發生於妊娠期，若發生於妊娠中期，因子宮迅速增大，需與葡萄胎相鑑別。羊水過多時無陰道流血，HCG水平在正常範圍，B型超聲檢查可以確診。
