對於本來就體質虛弱的嬰幼兒來說，活性病毒的疫苗可能促進孩子的自閉症退化。另外一個先於注射活性病毒的罪魁幾乎可以肯定說就是乙烷汞，它是一種叫thimerosa的消毒液的一種成分，thimerosa作爲防腐劑放在一些疫苗的多次劑量瓶中，並且這些疫苗都是國家規定必須注射的。自閉症特徵跟汞中毒特徵具有明顯的相似性，二者都存在不同程度的自免疫失調。實際上，所有自閉症特徵在前人關於汞中毒的文獻中已有了描述。多年來汞一直作爲抗真菌成分應用於油漆中，但是由於其毒性，直到1991年政府才下令禁止在室內用油漆中使用汞。同樣的道理，聯邦藥品管理局（FDA）在1982年宣佈停止使用乙烷汞。不幸的是，當時沒有人想到把乙烷汞從例行疫苗中去除來保護我們的孩子。這些疫苗中的汞以thimerosal（一種消毒液）的一種成分的形式而存在，這種消毒液46.6%的質量是乙烷汞，作爲防腐劑來增強多次劑量瓶中疫苗的抗腐化能力。但是疫苗中的乙烷汞卻“腐化”了成千上萬個孩子和他們的家庭。
現在診斷爲自閉症的孩子們從疫苗中接觸的汞超過了環保署認定的安全界限。這是因爲跟以往的孩子相比，今天的孩子接受的疫苗總數多（兩歲前22次），注射集中度高（短時間內多次注射），注射期早。
1991年以前，開始學會爬的孩子們就暴露在來自室內油漆的汞揮發物中。也是在1991年， FDA迫使油漆廠商把汞從室內油漆中去除。油漆廠商接受了。然而悲劇性的具有諷刺意味的是，在同一年聯邦政府出於公衆健康地考慮破天荒地規定所有新生兒在出生當天接受乙肝疫苗。直到2001年，這種疫苗都含有thimerosal。於是，我們看到一個政府部門把汞從油漆中拿走了，另外一個政府部門卻下令給新生兒注射含汞的乙肝疫苗。根據CDC推薦的免疫計劃來計算，嬰兒在出生時接受的汞爲12.5微克，兩個月時62.4微克，四個月時50微克，六個月時62.5微克，十八個月時大約50微克。我認爲出生時注射的乙肝疫苗是罪魁禍首，因爲新生兒的免疫和肝臟還未成熟，帶動了其後的一系列病情升級狀況，導致了自閉症中普遍的胃腸和神經系統的功能不善。儘管關於thimerosal和自閉症之間的因果關係目前還沒有得到確切證明，但是流行病學的資料支持這種關聯。最近，醫學研究院（Institute of Medicine）的人士給出結論，說這種假設也有可能是正確的。我想證明thimerosal的不利效果不過是時間問題罷了。
當英國醫生Andrew Wakefield， 第一次提出MMR跟後天腸道疾病和自閉症之間可能存在一定關聯時，迅速遭到了廣泛的駁斥。但是，對一組自閉症兒童的發炎的腸道組織所做的專門研究在他們的腸道組織的切片中發現了麻疹病毒，而這裏發現的麻疹病毒就是疫苗株。其他研究也找到了自閉症的發端跟麻疹病毒在腸道肆虐之間的關聯。最近，哈佛的腸胃病學家Timothy Buie描述了近400個兒童，並且在其中一組孩子身上發現了Andrew Wakefield及其同事描述過的迴腸淋巴增生的症狀。另外，日本的獨立研究小組川馬等人報道了麻疹病毒存在於一組自閉症亞型孩子身上，這個病毒造成了血腦屏障發炎，使得少量的病毒進入中樞神經系統（CNS）。
大多數接種疫苗的兒童都接受過輕微形式的麻疹病毒注射。麻疹病毒每年傳染到四千萬人，並通過抑制免疫系統和干擾中樞神經系統奪取其中一百萬人的生命。多數受到劇烈形式麻疹傳染的人居住在不發達國家。總體來說，麻疹疫苗拯救了數以百萬計的生命。然而，麻疹疫苗通常以三合一的組合形式來注射，另外兩種是腮腺炎和風疹疫苗，通稱爲MMR。MMR據稱繼續挽救着數以百萬計的生命，由於大量數據表明麻疹病毒的疫苗株引起腸道疾病，所以MMR也可能誘發或者推動了成千上萬個退化型自閉症，這也是英國醫生Andrew Wakefield的看法。直到最近，他一直在英國倫敦的皇家自由醫院擔任腸胃病學家和研究者。
這位備受尊敬的臨牀研究者發現了自閉症和MMR的特定麻疹病毒株之間的關聯。前面提過，Wakefield醫生在腸道組織內和外周血液單核細胞內發現了疫苗衍生的病毒基因組。這些發現推動了一個自閉症成因模型的確立，即在一些病弱的孩子中MMR激發身體的自免疫反應攻擊髓磷脂保護蛋白質（MBP）。這個模型與長期從事自閉症研究的VK Singh的數據相吻合，他在文章中寫到自閉症孩子的MBP抗體滴定水平偏高，通常這些孩子的麻疹病毒抗體滴定或者人體皰疹病毒抗體滴定也都偏高。
包括Bernard Rimland在內的許多專家都稱讚Andrew Wakefield的研究發現爲自閉症病因學發展帶來了光明。儘管醫學官方機構極力反對這些成果，許多家長，醫生和研究者相信MMR疫苗可能是導致自閉症發病率上升的真正原因，複合疫苗（一次注射多種疫苗）的危險性更大，對於遺傳和後天的病弱性孩子的不利後果更大。
