性心理障礙治療較爲困難，患者自身及其家人往往感到非常痛苦，但對症支持治療仍有幫助。
正面教育：明確指出某些行爲的危害性，有些行爲違反現行法律、單位制度，不符合所在文化的風俗習慣，而且就業、升學等各方面面臨嚴重問題，教育患者通過意志克服其性偏離傾向。
心理治療：使患者回顧自身的心理髮展過程，理解在何時、何階段、由哪些因素導致走向歧途，使患者正確理解和領悟並進行自我心理糾正。心理治療的療效取決於患者的治療願望是否強烈、患者是否爲自己的性心理偏離感到不安或痛苦，以上兩點的答案若是肯定的則療效相對較好。若性心理障礙發生早、持續時間長，患者年齡已超過40歲者則療效欠佳。專家們還指出，在治療時若不考慮或處理好異性戀的問題，往往難於取得穩定的療效。總體而言心理治療效果有限。
行爲矯正：厭惡治療如給患者看同性的健康圖像和同性戀的錄相之後隨即給予厭惡性刺激。戀物症的患者同樣可採取厭惡治療。
其它：易性症者多要求通過手術改變其性別，但變性手術複雜，難度較大，費用較高，特別是親友往往堅決反對，有些出現心因性抑鬱及自殺。手術效果也不肯定，且手術後激素替代治療有諸多不良反應。從心理學方面來講，手術前患者自己不能接受自己，手術後社會又難以接納他們。有些人手術後不得不隱姓埋名異地生活。因此手術應慎重，並履行相應的法律手續。
注意：通常有必要進行長期的個別或集體心理治療。當心理治療作爲社會技能培訓的多式治療，合併軀體和精神疾病（例如抽搐，注意力缺陷，抑鬱等）的治療和激素治療在內的全盤治療計劃的一部分時尤爲有效。訴諸法令的治療效果要差一些，可是對許多法律上的性罪錯者可以進行集體心理治療以及應用抗雄激素藥物進行治療。美國選用肌注安宮黃體酮；歐洲則採用環丙氯地孕酮。對中重度的男性性偏好障礙患者一般肌注安宮黃體酮200mg，每週2~3次，連續2周，然後再肌注200mg，每週1~2次，持續4周，再後是每週200mg，持續2~4周。血清睾酮的應用應控制和維持在女性正常的範圍內。治療通常要長期進行，因爲當睾酮水平回覆正常後，反常的性喚起方式往往會立刻回覆。除抗雄激素以外，SSRI（例如大劑量氟西汀60~80mg/d或氟伏草胺200~300mg/d）也可取得一定療效。在多式治療過程中應用藥物能取得最佳效。
