尿石症的主要病因爲鈣磷代謝紊亂以及其他因素。而患者對代謝紊亂方面比較關心。
具體病因可分爲：
(１)胱氨酸尿：屬遺傳性缺陷。
(２)高草酸尿：原發性高草酸尿、維生素B6缺乏等。
(３)黃嘌呤尿：是常染色體隱性遺傳的嘌吟代謝紊亂。
(４)低枸櫞酸尿：鹼中毒、甲旁亢、維生素D中毒、酸中毒、低鉀血癥、尿路感染。
(５)高尿酸尿：痛風、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性紅細胞增多症、先天性酶缺陷(如糖原貯疾病)、舞蹈手足徐動症等。
(６)高鈣尿：高血鈣、甲狀旁腺功能亢進、原發性遠端腎小管酸中毒、髓質海綿腎、類肉瘤病、維生素D中毒、乳鹼綜合徵、長期臥牀、Cushing''''s綜合徵、甲亢、特發性高鈣尿(吸收性高尿鈣)。
(7) 據科研實驗發現，性激素與結石症密切相關，雄激素可以誘發結石。 醫學界一直認爲，尿石症的病因比較複雜，與自然環境、生活條件、全身代謝紊亂及本身疾患有關，且具有個性化特點。
但是，在臨牀上卻發現尿石症男性發病率明顯高於女性，大約爲二點五比一。廣西醫科大學一附 院對四組雄性大白鼠進行了對比測試，試驗組白鼠給予百分之零點五乙二醇溶液作日常飲用水誘發結石，對照 組給予標準飲用水。
四周後分別取白鼠左心血、腎臟病理切片測性激素及觀察結石結晶，結果發現性激素與結 石形成有明顯關係，雄激素可以誘發結石。
此外，患者因某種病而大量服用維生素D、維生素C、皮質激素、氨苯喋啶、四環素、阿司匹林等可引發腎結石。
潰瘍患者服用硅酸鎂可形成硅酸鹽結石。青光眼患者服用乙酰唑胺可形成磷酸鈣過飽和而引發結石。服用磺胺類藥物，由於乙酰衍生物由腎臟排泄，在酸性尿中溶解度低，所以導致有些患者形成結石。
