臨牀上應根據病情不同而靈活運用。如在治療肛門直腸癰疽中，可根據其發病過程中的初起、成膿、潰後三個階段，分別以消、託、補三法治療，這是運用這一治療總則的典型。
一、內治法的三個總則
1. 補法：
這是用補益的藥物，恢復正氣，助養患處新生，使瘡口、瘻口早日癒合。此法適用於老年體虛，氣血虛弱，潰瘍後期，或肛腸疾病術後，熱毒已去，病竈巳除，而精神衰疲，元氣虛弱，膿水清稀，瘡口難斂者，以及便血和脫垂等病人。凡氣血虛弱者，宜補養氣血，凡脾胃虛弱者，宜理脾和胃，凡肝腎不足者，宜補養肝腎等。但在毒邪未盡的時候，切勿早用補法，以免病邪內蘊，久而爲患。
2. 消法：
這是用消散的藥物，使初起的肛周癰疽和炎性外痔等得到消散，免受潰膿和切開之苦。此法適用於沒有成膿的肛周癰疽、炎性外痔、血栓外痔和肛裂等病。但具體用法是極其靈活的，因爲各種疾病的病因不同，病的性質也各不相同，所以，治療方法也必須因病而異。如有表邪者宜解表，裏實者宜通裏，熱毒蘊結者應清熱解毒，寒邪凝結者應溫通，氣滯者要行氣，血瘀者要活血化瘀等。同時，還需根據病人體質的強弱，癰疽所屬的不同經絡，靈活施治。凡未成膿者，可以內消，即使不能內消，也可移深出淺，轉重爲輕;如膿已成，則不可用內消之法，以免養膿爲患，毒散不收，血氣受損，膿毒內蘊，反會侵蝕好肉，潰爛後難於收斂。
3. 託法：
這是用補益氣血的藥物，扶助正氣，託毒外泄，以免毒邪內陷。此法適用於肛周膿腫中期，正氣虛弱，毒邪偏盛，不能託毒外透，肛周癰疽外形平塌，根腳散漫，難潰難腐的虛證。如毒氣盛而正氣未衰者，可用透膿的藥物，促其早日泄出膿毒，腫消痛減，以免膿毒旁竄，造成後患。#p#副標題#e#
二、內治法的具體運用
上述消、託、補三種方法，是治療肛腸外科疾病的三個總的治療原則。由於發病的原因不同，病情的變化不一，因此，在臨牀具體運用時，治法又多種多樣。歸納起來，大致有清熱涼血，清熱利溼，清熱解毒，補益氣血、瀉熱通腑、養陰潤燥、補中益氣、活血祛瘀，滋陰清熱和溫陽健脾等法則。
1.溫陽健脾：適用於因脾弱陽虛或脾腎陽虛而引起便血的病人。選方常用黃土湯加減治療。
2. 清熱涼血：適用於因血熱腸燥而引起的便血，或內痔出血和血栓外痔初起的病人。選方常用涼血地黃湯、槐角丸加減治療。
3. 活血祛瘀：適用於氣滯血瘀，經絡瘀阻的病人。選方常用桃紅四物湯加減治療。
4. 補益氣血：適用於氣血不足或久病氣血虛弱的病人。選方常用十全大補湯、八珍湯加減治療。
5. 清熱解毒：適用於肛門直腸癰疽實證和內外痔感染的病人。選方常用黃連解毒湯、仙方活命飲加減治療。
6. 清熱利溼：適用於肛門直腸癰疽實證、肛竇炎和炎性外痔等病人。選方常用萆蘚滲溼湯、龍膽瀉肝湯加減治療。
7. 瀉熱通腑：適用於因熱結腸燥而引起便祕的病人。選方常用大承氣湯、脾約麻仁丸等加減治療。
8. 養陰潤燥：適用於因血虛津乏而引起便祕的病人。選方常用潤腸湯、五仁湯或增液湯加減治療。
9. 補中益氣：適用於小兒、年老體衰或經產婦，因氣虛下陷而引起的直腸脫垂或內痔脫出不收的病人。選方常用補中益氣湯加減治療。
10. 滋陰清熱：適用於肛瘻痔瘡等陰虛有熱的病人。選方常用青蒿鱉甲湯加減治療。
