一．瘻管切開術：是將瘻管全部切開開放．靠肉芽組織生長使傷口癒合的方法。適用於低位肛瘻，因瘻管在外括約肌深部以下。切刀開後只損傷外括約肌皮下部和淺部，不會出現術後肛門失禁。 手術在骶管麻醉或局麻下進行，患者側臥位或截石位，首先由外口注入美藍溶液，確定內口位置，再用探針從外口插入癭管內．瞭解瘻管的走行情況及與括約肌的關係。肛瘻切開術的手術步驟：
1、正確探查內口：尋找內口的操作與掛線療法相同，探得內口後，將探針拉出肛門外，如瘻管彎曲或有分支，探針不能探入內口，則由外口注入1%美藍色素溶液少許，以確定內口部位，再由外口以有槽探針探查，將管道逐步切開，探查直至探到內口爲止。如仔細探查仍不能找到內口，可將疑有病變的肛竇作爲內口處理。
2、切開瘻管並充分切除邊緣組織：瘻管切開後應檢查有無支管，如發現也應切開。瘻管全部切開後即將腐爛肉芽組織搔刮乾淨，一般不需要將整個瘻管切除，以免創面過大。最後修剪傷口邊緣，使傷口呈底小口大的“V”字形，便於傷口深部先行癒合。
3、肛管括約肌切斷：術中應仔細摸清探針位置與肛管直腸環的關係，如探針在肛管直腸環下方進入，雖全部切開瘻管及大部外括約肌及相應內括約肌，由於保存了恥骨直腸肌，不致引起肛門失禁，如探針在肛管直腸環上方進入直腸（如括約肌上肛瘻括約肌外肛瘻），則不可做瘻管切開術，應做掛線療法或掛線分期手術。第一期將環下方的瘻管切開或切除，環上方瘻管掛上粗絲線，並紮緊。第二期手術俟大部分外部傷口癒合後，肛管直腸環已有粘連固定，再沿掛線處切開肛管直腸環。
瘻管切開後其後，壁肉芽組織可用刮匙颳去，一般不必切除，以減少出血和避免損傷後壁的括約肌。切除瘻管組織應送病理檢查。
4、傷口處理：每日更換敷料一次，最好在排便後進行，傷口內填充敷料逐漸減少，直到肛管內創口癒合爲止。每隔數日做直腸指檢可以擴張肛管，更可防止橋形粘連避免假癒合。
二．掛線療法：是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘻的方法。適用於距肛門3—5cm內，有內外口低位或高位單純性肛瘻，或作爲複雜性肛瘻切開、切除的輔助治療。被結紮肌肉組織發生血運障礙，逐漸壞死、斷開，但因爲炎症反應引起的纖維化使切斷的肌肉與周圍組織粘連．肌肉不會收縮過多且逐漸癒合、從而可防止被切斷的肛管直腸環回縮引起的肛門失禁。手術在骶管麻醉或局麻下進行，將探針自外口插入後。循瘻管走向由內口穿出，在內口處探針上縛一消毒的橡皮筋或粗絲線．引導穿過整個瘻管，將內外口之間的皮膚切開後紮緊掛線。
SFT技術，即全電腦肛腸病診療系統於檢查、治療與一體，該技術主要應用於肛瘻、肛周膿腫的微創治療，病變部位由計算機屏幕顯示，圖像清晰，診斷準確，同時圖像可凍結、儲存、回放、放大分析、測量計算等並能進行治療前後對比。
肛瘻的治療原則是手術爲主，因爲只有進行手術，才能找到原發的內口，並把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除乾淨，這是肛瘻治療的關鍵。
①清除內口：手術時要找到原發的內口，並把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除乾淨，這是肛瘻治療的關鍵。
②處理好瘻管及支管、死腔：要把瘻管的管道、支管、死腔等清除乾淨，以免術後復發。
③保留肛管直腸環：肛瘻手術時，應明確診斷，查明內口及瘻管走向，保留肛管直腸環，以維持正常的肛門括約功能。
肛瘻的保守療法，一般用於擇期手術患者，目的是爲了減輕症狀和減少發作。
①調理排便：保持大便通暢，防止腹瀉或便祕，以減少糞便對肛瘻內口的刺激。
②清潔肛門：每日用溫鹽水或高錳酸鉀的溶液坐浴。且要勤換內褲。
③適當用藥：可適當使用抗生素口服，以控制炎症。也可適當使用藥膏等局部塗抹或中藥內服外用。
非手術療法
（一）內治法
（二）外治法
1．外洗法：局部紅腫疼痛時，可用苦蔘湯加減，煎水趁熱薰洗，
2．外敷法：肛瘻急性期可用土醫之家痔瘡膏等外敷。
冷凍、電療治肛瘻法
1、冷凍治療：麻醉下先用刮匙從外口適當搔刮瘻管，再用探針探入，確定瘻管的方向和走行，拔出探頭，選擇相似形狀的冷凍探頭（彎曲程度不同的紫銅管，直徑2毫米左右）作接觸法冷凍，持續冷凍3分鐘，使整個管道成白色冰棒，待自然復溫後拔出探頭，外塗消炎止痛軟膏，術後坐浴、換藥。
2、電療儀治療：運用現代肛瘻電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘻達到治療目的。適用於低位肛瘻的治療。麻醉下用探針搞清瘻管內外口及走行，用電療儀沿探針依次切開肛瘻管壁，暴露創面，外敷燙傷膏。
改良式瘻管切除術
改良式瘻管切除術：利用直腸纖維鏡進入到肛門裏面，通過監視器，直接對內口進行微創電凝，使肛瘻的內口乾結閉合，然後洗乾淨瘻管裏面的膿液，這樣大便後，糞便裏面的細菌和糞水無法進入周圍的組織，由此阻斷感染源頭及痛感，使之痊癒。
HCPT手術
利用直腸纖維鏡進入到肛門裏面，通過監視器，直接對內口進行微創電凝，使肛瘻的內口乾結閉合，然後洗乾淨瘻管裏面的膿液。
HCPT微創術具有以下特點：
精確度高：採用數字化視覺精確定位肛瘻病竈，輔助手術順利進行；
恢復更快：住院時間短，術後傷口恢復快、不影響肛門正常功能；
痛苦更小：手術過程中對病竈局部或完全麻醉，患者痛苦小；
併發症低：已使千例患者成功恢復健康，通過觀察及隨訪過程中發現病竈併發症的概率極低；
微創安全：手術整個過程在電腦精密控制，術中、術後微創、安全、可靠；
肛瘻的食療法
（1）黃鱔1條、瘦豬肉100克、黃芪25克炒熟，加鹽、糖、黃酒適量，去黃芪後食用。適用於虛型肛瘻病人。
（2）大米、小米各100克，洗淨，放入鍋內添入適量水煮開，待粥煮至半熟，加入豆漿500克攪勻煮熟，便可食用。適用於虛損患者，老幼皆宜。
（3）菊花6克、白糖6克、綠茶葉3克，放入茶杯開水衝沏，略悶片刻，淡香清雅，可清熱解毒，利血脈，除溼痹，減輕肛瘻腫痛。
複雜性肛瘻的治療原則
1、獨特的內口定位法：“復發”，對許多患者是一個恐懼的詞，但許多患者又不得不面對這樣的現實。其中最主要一條就是術中沒找到內口，疾病的源頭沒被堵住。複雜性肛瘻瘻管彎曲、分支多，且大部分時候瘻管閉塞不通，所以就不能像單純肛瘻那樣來找內口。
2、新的手術原則：古往今來，“從內口至外口全部切開瘻管”是肛瘻手術所遵循的不變原則。
