(1)HBV基因變異：HBV?DNA的變異，尤其是S區及前S區變異可影響HBV蛋白表達而導致HBsAg陰性。
(2)HBV病毒低水平復制，抗原表達量低：隱匿性HBV感染血清中HBV?DNA的水平較低，臨牀常規酶免疫測定試劑靈敏度不能檢測出，是臨牀診斷隱匿性HBV感染的主要原因。
(3)HBV整合到宿主染色體中：不論在急性和慢性HBV感染，HBV?DNA都能整合到肝細胞染色體DNA中，HBV?DNA的整合可導致病毒DNA序列重排，進而影響HBsAg表達。
(4)宿主免疫應答異常：有力的細胞免疫介導的免疫應答是終止HBV持續感染的主要機制，但在機體免疫功能低下或免疫耐受狀態下，可能無法清除低水平的病毒而出現隱匿性HBV感染。
(5)受其他病毒感染的干擾：HBV與其他嗜肝性病毒重疊感染時，可相互干擾導致HBV複製受限制而呈低水平。
(6)國產試劑的靈敏度和質量問題：在我國HBV血清學標誌檢測試劑的靈敏度可能是診斷隱匿性HBV感染的原因之一。
