祖國醫學對肛瘻的分類較多，有不少形象描述。如《外科大成·下部後》中說：“漏有八：腎俞漏，生腎俞穴。瓜穰漏，形如出水西瓜穰之類。腎囊漏，漏管通於囊也。纏腸漏，爲其管盤繞於肛門也。屈曲漏，爲其管曲屈不直，難以下藥至底也。竄臀漏、蜂窩漏，二症若皮硬色黑，必內有重管，雖以掛線，依次穿治，未免爲多事。通腸瘻，惟以此漏用掛線易於除根。”
現在肛瘻分類亦多，有按病因、病理分類，有按內外口的位置及侵犯組織的程度分類。
一、按內外口分類
1. 單口內瘻：又稱爲內盲瘻，只有內口與瘻管相通連，無外口。
2. 內外瘻：瘻管有內外口，外口在體表，內口在肛竇，下有瘻管相通連。此種肛瘻最爲多見。
3. 單口外瘻：又稱爲外盲瘻，只存外口下連瘻管，無內口。此種肛瘻臨牀上較少見。
4. 全外瘻：瘻管有兩個以上外口相互有管道通連，而無內口，此種肛瘻臨牀上較少見。
二、Parks分類法：按瘻管與括約肌的關係，將肛瘻分爲四類：
1. 括約肌間肛瘻 （低位肛瘻），爲最常見，約佔70%，是肛管周圍膿腫的後遺症。瘻管只穿過內括約肌，外口常只有一個，距肛緣較近，爲3-5釐米。
2. 經括約肌肛瘻（低位或高位肛瘻）， 約佔25%，爲坐骨直腸窩膿腫的後遺症。瘻管穿過內括約肌、外括約肌淺部和深部之間，外口常有數個，並有枝管互相溝通，外口距肛緣較遠，約 5釐米。
3. 括約肌上肛瘻（高位肛瘻） ，佔 5%。瘻管向上穿過肛提肌，然後向下至坐骨直腸窩而穿透皮膚。由於瘻管常累及肛管直腸環，故治療較困難。
4. 括約肌外肛瘻（呶桓仞?？，佔 1%，爲骨盆直腸間隙膿腫合併坐骨直腸窩膿腫的後果。瘻管穿過肛提肌，直接與直腸相通。這種肛瘻常爲克隆氏病、腸癌或外傷所致。
三、按瘻管形態分類：1.直瘻;2.彎曲瘻;3.前後蹄鐵形肛瘻。
四、按肛瘻的病因和病理性質分類：可分爲非特異性肛瘻（即化膿性肛瘻）和特異性肛瘻二類。在特異性肛瘻中，又可進一步分爲：結核性肛瘻、梅毒性肛瘻和放線菌性肛瘻三種。
五、全國肛腸外科會議（1975）統一標準分類法：以外括約肌深部劃線爲標誌，瘻管經過此線以上爲高位，在此線以下爲低位，這在國內已普遍採用。
1. 低位單純性肛瘻：只有一個瘻管，並通過外括約肌深部以下，內口在肛竇附近。
2. 低位複雜性肛瘻：瘻管在外括約肌深部以下，外口和瘻道有二個以上者，內口在肛竇部位（包括多發性瘻）。
3. 高位單純性肛瘻：僅有一個瘻道，瘻管穿過括約肌深部以上，內口位於肛竇部位。
4. 高位複雜性肛瘻：有二個以上外口及瘻管有分支，其主管通過外括約肌深部以上，有一個或兩個以上內口。
