大部分肛瘻由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿後形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在癒合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易癒合，日久後腔道周圍有許多短痕組織，形成慢性感染性管道。行走在內外括約肌附近，外口皮膚生長較快，常有假性癒合，引起反覆發作。管道的感染多數爲膿性感染，少數爲結核性。
（1）外瘻和內瘻：外瘻至少有內外兩個接口，一個在肛門周圍皮膚上，多數距肛門2—3cm，稱爲外口，另一個在場腔內，多數在齒線處肛竇內，稱爲內口，少數內口在中齒線上方、直腸壁上。內瘻的內口與外瘻相同，並無傷口，臨牀所見90％爲外瘻。
（2）低位瘻和高位瘻：瘻道位於肛管直腸環平面以下者爲低位瘓，在此平面以上爲高位瘻。高位瘻對治療方法的選擇有關。
（3）單純性肛瘦和複雜性肛瘓；前者只有一個痞管，後者可有多個瘻口和瘻管。從臨牀治療角度以肛瘻和括約肌的關係較重要，可分爲：
①括約肌問型，是最常見一種，內口位於齒線，痞管在內外括約肌間行走，外口在肛門周圍皮膚；②經括約肌型，即瘻管經外括約肌及坐骨肛管間隙而在肛周圍皮膚上穿出；③括約肌上型，這不常見，瘻管同上穿破肛提肌而在肛門周圍遠處皮膚上穿出；④括約肌外型，這種少見，內口在齒線上直揚壁，外口在肛周遠處皮膚上，瘻管在內外括約肌外，經肛提肌而下。
