抗病毒治療的效果，目前主要是通過以下四個指標來評價
1） 病毒學應答
HBV DNA（乙肝病毒DNA）水平是乙肝病毒複製的指標，治療期間HBV DNA水平的變化是衡量抗病毒藥物有效性最重要的一項指標。HBV DNA轉陰被稱爲：完全病毒學應答；HBV DNA未轉陰，則稱爲病毒學應答不佳。如果半年內病毒未轉陰，建議諮詢醫生，及早加藥
2） 血清學應答
指經治療後HBeAg（e抗原）轉陰或HBeAb（e抗體）陽性，這預示進入乙肝病毒非活動或低複製期，病毒複製受到持久的抑制，病情趨於穩定；治療後HBsAg（表面抗原）轉陰或HBsAb（表面抗體）陽性，這預示着乙肝病毒的清除，達到了抗病毒治療的最佳效果。
3） 生化學應答
主要是指肝功能恢復正常，主要是看血清ALT和AST。一般來說，在病毒學應答1-2個月後，血清ALT和AST就會恢復正常。
4） 組織學應答
肝穿刺活組織檢查是確定肝臟炎症程度和纖維化程度的金標準。抗病毒藥物治療前後進行肝穿刺檢查，通過分級或評分的方法可以判斷藥物治療的效果。
