扁平疣的預防需注意衛生器具要經常消毒，定人定物，防止交叉感染。身體抵抗力低下者，需加強鍛練，提高身體素質，增強抗病能力。普及衛生宣傳，養成良好的衛生習慣，避免使用患者物品用具，防止間接傳染。注意防護，避免外傷及皮膚破損，對皮膚粘膜破損處應妥善處理，防止病毒乘虛而入。已發生扁平疣者，不宜搔抓，應及時到專科醫院接受治療，以免自身接種傳播。
扁平疣患者需要注意的事項：扁平疣有一定的癌變可能！目前已經獲得公認！扁平疣貴在早期治療！否則會留下非常難消退的色素沉着！扁平疣禁忌用激光、電離子治療！因這些有創性的治療可由於誘發產生“同型反應”！。“同型反應”是皮膚科常用的一個名詞，隨着醫學的發展，正越來越受到皮膚科醫生及學者的重視。同型反應是指某些皮膚病（常見的有：扁平疣、扁平苔蘚、牛皮癬、白癜風等），在受到外傷或者“創傷性治療（如手術、激光、電離子等）”後，會在病變部位甚至全身出現皮損突然增多、加重的現象，這種現象通常稱爲“同型反應”。發生同型反應的機理目前尚未明確，筆者認爲可能與外傷處更容易聚積異常的免疫因子有關。所以，在治療上述具有“同型反應”現象的疾病時，切忌亂用創傷性治療，以免加重病情，使疾病變得更加複雜化，從而更加加大治療的難度！而產生極其難看的黑斑！曾經被很多人盲目推崇的扁平疣“自體埋植術”目前也已經遭到質疑！因其也是“有創性治療”，也有可能誘發“同型反應”！造成疣體暴發性增多！
扁平疣要分型而治！治療穩定期的扁平疣還在沒完沒了地打針吃藥不僅是浪費、造成很多副作用！並且也不會收到什麼效果！其治療要點爲糾正表皮角化異常增生！外面疣體的治療宜用外用藥祛除。
扁平疣的危害有很多，最主要的有：癌變。現代醫學研究證實，凡由“人類乳頭瘤病毒”感染而導致的疾病均可導致癌變，其中，以“疣狀表皮發育不良”癌變率最高，“尖銳溼疣”次之，“扁平疣”癌變率排第三。有礙觀瞻、傷“面子”。因扁平疣專在暴露部位發病，尤其愛出現在面部，且皮損有礙觀瞻，很傷“面子”。傳染。扁平疣可以通過密切接觸傳染家人和朋友，因此，容易在親人間導致隔閡。
