所謂機會感染，即條件致病因素，是指一些侵襲力較低、致病力較弱的微生物，在人體免疫功能正常時不能致病，但當人體免疫功能減低時則爲這類微生物造成一種感染的條件，乘機侵襲人體致病，故稱作機會性感染。屍檢結果表明，90%的艾滋病人死於機會感染。能引起艾滋病機會感染的病原多達幾十種，而且常多種病原混合感染。主要包括原蟲、病毒、真菌及細菌等的感染。
1.原蟲類
（1）卡氏肺囊蟲肺炎：卡氏肺囊蟲是一種專在人的肺內造穴打洞的小原蟲。人的肉眼看不見，而且用一般的生物培養方法也找不到。卡氏肺囊蟲肺炎主要通過空氣與飛沫經呼吸道傳播。健康人在感染艾滋病毒後，免疫功能受到破壞，這時卡氏肺囊蟲便乘虛而入，在病人體內大量繁殖，使肺泡中充滿滲出液和各種形態的肺囊蟲，造成肺部的嚴重破壞。 卡氏肺囊蟲肺炎在艾滋病流行前是一種不常見的感染，過去僅發現於戰爭、飢餓時期的嬰幼兒，或者接受免疫抑制治療的白血病患兒。卡氏肺囊蟲肺炎是艾滋病患者的一個常見死因，在60%以上的艾滋病患者中屬於最嚴重的機會感染，約有80%的艾滋病患者至少要發生一次卡氏肺囊蟲肺炎。 艾滋病患者合併卡氏肺囊蟲肺炎時，首先有進行性營養不良、發熱、全身不適、體重減輕、淋巴結腫大等症狀。以後出現咳嗽、呼吸困難、胸痛等症狀，病程4～6周。發熱（89%）和呼吸急促（66%）爲肺部最常見的體徵。某些人肺部還可聽到羅音。卡氏肺囊蟲肺炎常復發，病情嚴重，是艾滋病患者常見的致死原因。卡氏肺囊蟲肺炎病人胸片顯示兩肺廣泛性浸潤。但少部分患者（約佔23%）其胸片可示正常或極少異常。據對180例卡氏肺囊蟲肺炎X線胸片檢查所見，表現爲兩側間質性肺炎的77例，間質及肺泡炎症45例，肺門周圍的間質炎症26例，單側肺泡及間質炎症24例，未見異常者8例。 肺功能測定示肺總量及肺活量下降，隨着病程的進展而進一步加劇。 氣管鏡或肺穿刺所取之標本可以查到卡氏肺囊蟲，有時還可以查到其它病原體，此時爲混合性機會感染。本病病程急劇;亦可緩慢，終因進行性呼吸困難、缺氧、發展爲呼吸衰竭而死亡，其病死率可達90%～100%。
（2）弓形體感染：艾滋病人得弓形體感染主要引起神經系統弓形體病，其發生率爲26%。臨牀表現爲偏癱，局竈性神經異常，抽搐、意識障礙及發熱等。CT檢查可見單個或多個局竈性病變。依據組織病理切片或腦脊液檢查可見弓形體。極少數弓形體累及肺部（1%）。該病是由寄生性原蟲動物鼠弓漿蟲所致的一種動物傳染病。人的感染途徑，先天性感染是由母親經胎盤傳給胎兒。後天性感染是因吃了含有組織囊蟲的生肉或未煮熟的肉而感染。
（3）隱孢子蟲病：孢子蟲是寄生於家畜和野生動物的小原蟲，人感染後，附於小腸和大腸上皮，主要引起吸收不良性腹瀉，病人表現爲難以控制的大量水樣便，每日5～10次以上，每天失水3～10升，病死率可高達50%以上。診斷靠腸鏡活檢或糞便中查到原蟲的卵囊。
