到底什麼時候進行抗病毒治療纔是“適時”呢？
在臨牀上，由乙肝病毒引起的免疫病理分爲三個階段，免疫耐受期、免疫清除期(又稱病毒清除期)和病毒靜止期。
免疫耐受期不主張治療
在免疫耐受期，乙肝病毒在體內大量複製，但患者的免疫系統卻像一頭沉睡的獅子一樣，既不能識別、又不能有效清除乙肝病毒。這個時候如果治療，效果就會非常差。因此， 處於免疫耐受階段的患者，一般不主張治療，但要定期觀察肝功能，尋找合適的抗病毒治療時機。
病毒靜止期以定期臨牀醫學檢測爲主
在病毒靜止期，肝功能正常，體內的病毒正處於一個靜止期，沒有複製，傳染性也極弱。患者可以暫時不用治療，但需定期到醫院進行相關檢查，以瞭解病情變化。必要時予以及時治療，阻止病情進展。
免疫清除期爲抗病毒治療的最佳時機
在免疫清除期，肝功能反覆異常。此期患者的免疫反應較好，患者體內有乙肝病毒複製，但同時機體也在積極地清除乙肝病毒，只是在清除的過程中，免疫系統會把帶毒的肝細胞作爲靶細胞進行破壞，因此會對肝細胞造成一定的免疫損傷，在檢測肝功能時就會出現谷丙轉氨酶增高的現象。此期爲抗病毒治療的最佳時期，臨牀往往能取得較佳的效果。
目前醫學界的正規治療都是把抑制病毒複製，從而控制肝炎活動作爲治療目標。一般來說，判斷乙肝是否治好多以下4個標準來衡量：
一是沒有乙肝病毒的活動性複製；
二是沒有傳染性；
三是肝臟無明顯炎症；
四是病情穩定。
如果患者出現了以上四種特徵，就可以說乙肝治好了，但這種“好”是相對的，乙肝患者仍需定期進行臨牀醫學複查。
