醫生會根據是否有生育要求制定治療方案，有生育要求的通過治療可以促使無排卵的患者達到排卵並獲得正常妊娠，沒有生育要求的可以通過治療調整月經週期、治療多毛和痤瘡、控制體重並達到遠期預防糖尿病、子宮內膜癌、心血管疾病等疾病的目的。
有生育要求患者的治療
基礎治療：
1、生活方式調整：肥胖患者通過低熱量飲食和耗能鍛鍊，降低全部體重的5％或更多，就能改變或減輕月經紊亂、多毛、痤瘡等症狀並有利於不孕的治療。
多囊卵巢（PCOS）患者常常存在高雄激素血癥和高胰島素血癥，可以先採用達英-35和二甲雙胍糾正內分泌紊亂，將會提高促排卵藥物的促排卵效果，根據患者情況個體化決定。
2、高雄激素血癥的治療：目前首選達英-35。
適應證：有高雄症狀或高雄激素血癥的多囊卵巢患者，通過降低雄激素可以增加對克羅米芬的敏感性，週期性撤退性出血改善宮內膜狀態。
3. 胰島素抵抗的治療：二甲雙胍。
促排卵治療：
1. 一線促排卵治療：克羅米芬（Clomiphene Citrate，CC）：
用法：從自然月經或撤退（黃體酮20mg，每日1次，肌注3天）出血的第5天開始，50mg/日，共5天，如無排卵則每週期增加50mg/日直至150mg/日。有滿意排卵者不必增加劑量，如卵泡期長或黃體期短說明劑量可能低，可適當增加劑量；服用克羅米芬週期應測試和記錄基礎體溫，以判斷療效。如果基礎體溫未上升，可在停服藥7-10天行經陰道超聲檢查，如果卵巢內具有近成熟卵泡，可選擇肌內注射HCG，誘發排卵。
CC抵抗的定義：自然月經或撤退出血第5天起克羅米芬50 mg/日×5天；一種劑量無效後於下一週期加量，每次加50mg/日，用至150mg/日×5天無排卵爲克羅米芬抵抗。
2、二線促排卵治療：促性腺激素
適應證：耐克羅米芬的無排卵不育患者，已除外其他不育原因；具備盆腔超聲及雌激素監測的技術條件，並具有治療OHSS和減胎技術的醫院；
禁忌證：血FSH水平升高，提示卵巢性無排卵；無監測卵泡發育和排卵的技術條件。
用法：低劑量少量遞增的FSH方案和逐漸減少的方案；
注意事項： 需要反覆超聲和雌激素監測。
種類：尿液提取物——人絕經期促性腺激素（HMG）、高純度促卵泡素（HP-FSH）和基因重組卵泡刺激素（r-FSH），r-FSH中幾乎不含LH量，特別適用於PCOS患者；
3、手術治療——腹腔鏡下卵巢打孔術
適應證： CC抵抗；因其它疾病需腹腔鏡檢查盆腔；隨診條件差，不能作促性腺激素治療監測；建議選擇BMI《34，LH》10miu/ml，遊離睾酮高者作爲治療對象。
4、體外受精-胚胎移植（IVF-ET）
適應證：以上方法促排卵失敗的患者；
無生育要求患者的治療
治療目的：近期目標爲調整月經週期、治療多毛和痤瘡、控制體重；遠期目標爲預防糖尿病、預防子宮內膜癌、心血管疾病。
1、生活方式調整：控制飲食；運動；戒菸、戒酒。減輕體重至正常範圍，改善胰島素抵抗，阻止PCOS長期發展的不良後果，如糖尿病、高血壓、高血脂、和心血管疾病等代謝綜合徵。
2、 口服避孕藥：首選達英-35
適應證：高雄激素血癥或高雄激素表現；
種類：各種短效口服避孕藥，達英-35爲首選；
用法：自然月經或撤退出血的第1-5天服用，每日1片，連續服用21日。停藥約5天開始撤退性出血，撤退出血第5日重新開始用藥。或停藥7天后重複啓用。至少3～6個月，可重複使用；
注意事項：PCOS患者是特殊人羣，常常存在糖、脂代謝紊亂，用藥期間應監測血糖、血脂變化；對於青春期女孩在應用OC前應做充分的知情同意；服藥前排除口服避孕藥的禁忌症。
3、孕激素治療
適應證：無明顯高雄激素臨牀和實驗室表現，及無明顯胰島素抵抗的無排卵患者，可單獨採用定期孕激素治療，以恢復月經；
種類：安宮黃體酮（MPA）、微粉化孕酮（琪寧）、地屈孕酮（達芙通）
用法：月經週期後半期MPA 6mg/日，或琪寧200mg/日，或地屈孕酮10-20mg/日，每月10天。至少兩個月撤退出血一次，
優點：調整月經週期，保護子宮內膜，預防子宮內膜癌的發生；可能通過減慢GnRH-LH脈衝分泌頻率，在一定程度上降低雄激素水平； 適用於無嚴重高雄症狀和代謝紊亂的患者。
缺點：降雄激素作用較弱，不能改善高雄症狀和代謝紊亂狀況。
4、胰島素抵抗的治療——二甲雙胍
適應證：肥胖、有胰島素抵抗的患者；
用法：500mg，每日2次或3次，治療時每3～6個月複診，瞭解月經和排卵恢復情況，有無不良反應，複查血胰島素、LH、睾酮。如果月經不恢復，仍須加用孕激素調經。
副作用：最常見的是胃腸道反應，如腹脹、噁心、嘔吐及腹瀉，這些症狀爲劑量依賴性，2～3周逐漸增加劑量的及餐中服用藥物可減少副作用。嚴重的副作用是可能發生腎功能損害和乳酸性酸中毒。
