如果治療不當，常可併發肺炎、腦病等。另外，百日咳病程長，可持續2—3個月以上，所以對孩子的健康影響很大。因此一旦發現孩子患有百日咳應及早進行治療。
對於百日咳患兒應及早選用抗生素，以清除鼻咽部的百日咳桿菌。如紅黴素每日每公斤體重50—100毫克，分2次肌內注射;也可酌情使用複方新諾明或增效聯磺片，每次半片，日服2次。
以上抗生素應連續應用7-10天。如使用某一種抗生素5天不見效時，可另換一種，如果同時使用2種抗生素也並不能提高療效，因此以單用爲好。
在應用抗生素過程中，家長應注意觀察以便早期發現其不良反應。據法國醫學雜誌報道，對於痙攣性咳嗽，用其它藥物不能控制時，可使用維生素K，可獲得很好的療效。其理論根據雖然不清楚，但治療效果比較明顯。用法是：小於一歲的孩子每日肌內注射20毫克;大於一歲者，每日肌內注射50毫克。
對於病情重的患兒，可使用高價“百日咳免疫球蛋白”肌內注射，每次1毫升，隔日一次，連續用3次。
中成藥治療百日咳也有一定療效，如”百咳靈”，每歲每交服一片，每日服2—3次，溫開水送服;”鷺鷥咳丸”，每次一丸(1.5克)，日服2次，用梨湯或溫開水送服。另外，在以上藥物治療的同時，還應及時進行隔離，以免發生傳染。
