大多數肛瘻是肛周膿腫的後遺症，肛瘻形成之後，肛門周圍的外瘻口不斷有少量膿性分泌物排出。時間長了，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿性液體不能排出，即形成膿腫。這種由於引流不暢形成的膿腫，往往是“疼痛―――流膿―――緩解”反覆出現，這是肛瘻臨牀表現的特點。由於膿液不斷浸漬肛門周圍皮膚而引起瘙癢，有時可伴發肛周溼疹。
肛瘻治療有藥物、手術療法，藥物療法主要爲服用中西藥、局部坐浴及藥物外用，一般可減輕症狀，控制炎症，但不能徹底治癒。治癒肛瘻最有效的方法還是手術，越早做效果越好，建議不要錯過最佳治療時間，以免發展爲複雜性肛瘻或癌。同時，應排除由結核、腸克羅恩病等特異性炎症引起的肛瘻。
惡變不多，但仍要警惕
多數肛瘻是不會癌變的，但仍有少數肛瘻病人可發展爲惡性病變，特別是近年來，有關肛瘻十年以上惡變爲癌的報道增多。其導致癌變的原因，大致有以下幾個方面：
1、長期的慢性炎症刺激。炎症的長期存在，使得膿性分泌物及糞便從瘻管排出，從而刺激組織細胞異常增生，導致惡性病變。
2、細菌感染。細菌長期存在於瘻管內，特別是綠膿桿菌或結核桿菌感染，可不愈，從而導致癌變。
3、藥物刺激。長期、大量使用各種局部外用藥，經常刺激局部，導致癌變。
