爲了進一步說明陰莖大或小的原因，還是讓我們一起回顧一下陰莖的發生與發育過程。爲了敘述方便，我們把它分爲四個階段：
（1）妊娠第10-12周，陰莖剛剛分化好，只有3.5毫米長，這時起作用的是在胎盤分泌的hCG作用下而產生的睾酮。
（2）妊娠的中、後期6個月，陰莖生長速度很快，出生時已達2.5-3.5釐米，這時胎兒垂體開始分泌促性腺激素LH和FSH。
（3）出生後至青春期前（7歲左右），陰莖生長緩慢，這是因爲下丘腦、垂體發育慢，睾酮水平也低的緣故。
（4）青春期開始後，垂體和睾丸激素分泌旺盛，陰莖迅速生長，僅5年左右就達到成人水平，增長增粗。當老年性激素水平顯著降低或外科去勢後，陰莖可繼發性退化。若繼發性陽痿停止性接觸多年之後，也有可能造成病理性退化，這不是一般所說的用進廢退問題，而是平滑肌纖維發生退行性變化的後果。
總之，陰莖的分化與發育全靠體內的睾酮水平，如果妊娠第6-9個月期間，睾酮分泌不足，陰莖發育低於正常速度，出生時陰莖便較小。
那麼，怎樣纔算是真正的小陰莖呢？陰莖在青春期前短於2.5釐米，青春期後短於5釐米，而且發育不正常，沒有勃起功能;特別是第二性徵發育不良，性功能障礙，無生育力，無精子，這時方可認爲是陰莖發育不正常。導致真正小陰莖的病因包括：
（1）病變原發於睾丸的高促性腺激素性腺功能低下症，這時下丘腦和垂體正常，能發出強有力的指令，但睾丸有病，無法執行生產性激素和精子的命令。
（2）低促性腺激素性腺功能低下症，這是因爲下丘腦和垂體有病變，不能向下發出分泌睾酮指令。上述兩種疾患本書已分別介紹過。
（3）部分性抗雄激素綜合徵，即陰莖對雄激素不敏感，患者體內睾酮水平正常，但第二性徵異常，甚至可能有尿道下裂。
（4）特發性小陰莖，原因至今不明。
讓我們再回到前面那位婦女，由於她在婚後9個月左右懷孕，並平安地生下一個兒子，說明她丈夫的性功能正常，決不會存在內分泌等問題，其陰莖顯然屬於正常範圍。對於這種正常的生理差異完全不必憂心忡忡，至於女性性滿足和雙方的性和諧問題主要是性知識和性技巧貧乏等因素造成的，與陰莖大小無關。
