腎結石可能長期存在而無症狀，特別是較大的腎結石。較小結石活動性大，小結石進入腎盂輸尿管連接處或輸尿管時，則引起劇烈的蠕動，以促進結石的排出，於是出現絞痛和血尿。
腎結石引起的疼痛可分爲鈍痛和絞痛。絕大多數病人，約40%～50%都有腰部和上腹部間歇發作的疼痛史。疼痛通常位於脊肋角、腰部或腹部，多數爲陣發性，亦可爲持續性疼痛。疼痛輕時，可能僅表現爲腰部酸脹或不適，勞動可使疼痛發作或加重。腎結石絞痛是嚴重刀割樣痛，常突然發作。疼痛常放射至下腹部、腹股溝、大腿內側，女性放射至陰脣部位。腎絞痛發作時，患者呈急性面容，縮?B25F?在牀，雙手緊壓腹部或腰部，甚至在牀上翻滾，呻吟不已，發作常持續幾小時，但也可幾分鐘即緩解。腎絞痛嚴重時，患者面色蒼白，冷汗淋漓，脈細而速，甚至血壓下降，呈虛脫狀態，同時，噁心嘔吐，腹脹便祕等，可誤診爲急腹症。在絞痛發作時，尿量減少，絞痛緩解後，尿有增多現象。腎絞痛對症治療後緩解，也可自行停止，但緩解後數日，仍感虛弱無力，腰部酸脹隱痛。
血尿是腎結石另一主要症狀。疼痛時，常伴發肉眼血尿或鏡下血尿，以後者居多。大量的肉眼血尿在腎結石是少見的，體力活動後，血尿可加重，腎結石偶可因無痛血尿就醫。
腎結石患者可有尿中排出砂石史，特別在疼痛和血尿發作時，尿內可混有砂粒或小結石，結石通過尿道時，有堵塞或疼痛感，對有疼痛和鏡下血尿疑爲腎結石，X片未見鈣化影時，應密切觀察有無砂石排出，如收集到結石，需作分析，爲今後防治作參考。
感染性結石除有通常腎結石的表現外，還有它自身的特點。感染性結石生長快，常呈大鹿角狀，X線平片上顯影，常伴有持續的或反覆發作變形桿菌等致病菌的尿路感染史。1970年Fair報道，在結石裂隙內，甚至在結石核心，都藏有致病菌，抗菌藥物不易達到該處而難以消滅它們，停止抗菌藥物治療後，這些倖存的細菌又死灰復燃，引起復發。如手術取石後仍有殘餘碎石遺留，則很快又長成鹿角狀結石，因結石不易取淨，尿路感染不能消除，以致這種結石複發率較高，終因結石併發梗阻和感染導致腎功能受損，還可繼發腎出血，甚至因此行急症腎切除術。此類病人尿呈強鹼性，鏡下常有膿細胞及紅細胞，尿培養有細菌生長。
