凡事有利必有弊，藥物也是一把“雙刃劍”，它既能治病又易傷已。大部分藥物發揮治療作用的同時，也會伴隨一些不良反應。乙肝治療是一個慢長而複雜的過程，大多數乙肝患者進行口服核苷（酸）類藥物治療都需要至少2至3年甚至更長時間。
目前已在中國上市的口服抗病毒藥物大體上都是安全的，全都經過了5年以上的臨牀驗證。但在上市後，由於病人個體差異，有些人身上會出現一些比較嚴重的不良反應。除了常規的乙肝五項、HBV DNA等檢查外，乙肝患者還需定期檢查其他指標才能發現副作用的存在。
服用拉米夫定的患者，最常見的副反應有頭痛、不適、疲倦，但通常並不嚴重。拉米夫定距今已經有超過10年的歷史和廣泛的人羣使用經驗，被臨牀醫生公認爲是很安全的口服抗病毒藥物。《中國乙型肝炎防治指南》推薦拉米夫定適用於慢乙肝，肝硬化、肝移植、重症肝炎等病人。
使用替比夫定的患者要密切留意自己的CK（肌酸激酶）水平。一旦CK升高，又參加了重體力勞動，可能會出現肌肉無力、痠痛等不良反應，甚至會出現肌病而導致橫紋肌溶解。因此，在使用替比夫定的過程中，應該每3個月定期監測CK水平。另外，替比夫定和干擾素嚴禁聯合應用，否則部分患者會發生周圍神經病。
恩替卡韋曾在動物實驗中發現致癌案例，目前美國FDA要求百時美施貴寶公司在進行長達10年的全球、多中心的臨牀研究。在臨牀實驗中，尚未發現有病人出現腫瘤的情況。另外，恩替卡韋曾有乳酸酸中毒的報道，重症病人使用時應該注意。
因此，乙肝患者在開始抗病毒治療之前，應該瞭解藥物都有哪些副作用，儘量選擇使用經驗多，副作用少的藥物;同時堅持定期檢測，發現藥物副作用及時治療。
