現在大多數慢乙肝患者是兒時就感染乙肝病毒所致，這種感染可發生在胎內，常見於分娩過程中，也可於產後3年內。
由於嬰幼兒的免疫系統尚不成熟，乙肝病毒感染肝細胞後機體不能識別，認敵爲友而容忍其在機體中存在並複製，這種現象醫學上稱免疫耐受，導致病毒在肝細胞內長期存在和複製。
被病毒感染的肝細胞可佔肝細胞總數的10%~40%，而且新生的肝細胞又可再被病毒感染，如此，雖然機體成年後免疫系統完備，但要徹底清除這些病毒已做不到。
病毒“寄生”於肝細胞內，每次清除反應(即肝炎活動)使部分肝細胞破壞，乙肝病毒被部分清除，病毒複製模板也被部分清除，但是總是不徹底，且可出現新生的肝細胞再感染，周而復始持續幾十年乃至終生。
核苷類藥物的作用主要是通過阻斷乙肝病毒的DNA的複製而起到治療的作用，並不能清除乙肝病毒複製的模板，所以核苷類藥物的治療必須長期服藥。
核苷(酸)類似物核的停藥標準
1、HBeAg(+)慢性乙肝患者，在間隔至少6個月的兩次檢查中，均出現HBeAg血清學轉換和HBV DNA檢測陰性，可終止治療。
2、HBeAg(-)慢性乙肝患者，有相應的改變HBV DNA低於檢測下限，ALT正常後，至少再鞏固1年半(經過至少三次複查，每次間隔6個月)仍保持不變，且總療程至少達到2年半者，可以考慮停藥。由於停藥複發率較高，可以延長療程。
