大部分肛瘻由直腸肛管周圍膿腫引起，因此內口多在齒狀線上肛竇處，膿腫自行破潰或切開引流處形成外口，位於肛周皮膚上。由於外口生長較快．膿腫常假性癒合，導致膿腫反覆發作破潰或切開，形成多個瘻管和外口．使單純性肛瘻成爲複雜性肛瘻。瘙管由反應性的緻密纖維組織包繞，近管腔處爲炎性肉芽組織，後期腔內可上皮化。 結核、潰瘍性結腸炎、Cohn病等特異性炎症、惡性腫瘤、肛管外傷感染也可引起肛瘻，但較爲少見。
肛瘻的病理表現有外口、瘻管、支管、內口組成。
①瘻管：連接內口與外口的管道，形狀各異，可有一個，也可有多個分支。
②外口：是肛門周圍膿腫破潰或切開的口，在肛門周圍的皮膚上，多數距肌門約2～3cm。其距肛門遠近不定，數目不一，可凹陷，也可突起;可伴有肉芽組織，紅紫色，潛行性邊緣，形狀整齊，且外口較大者多爲結核性瘻管。
③內口：是肛門感染形成肛門周圍膿腫的入口，多數在肛竇附近，80%在肛管後正中線兩側的肛竇發生。由坐骨直腸窩和肛門部來的血管，在肛管後方正中線兩側進入直腸，感染常沿血管周圍蔓延，因此，內口多在肛管後部中線兩側。
④支管：主瘻管引流不暢，或反覆感染，均可發生很多支管。探清支管對手術效果極爲重要。
