肛瘻有原發性內口、瘻管、支管和繼發性外口。內口即感染源的入口，多在肛竇內及其附近，後正中線的兩側多見，但也可在直腸下部或肛管的任何部位。瘻管有直有彎，少數有分支。外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，多位於肛管周圍皮膚外，由於原發病竈不斷經內口進入管道，加之管道迂曲行走於內、外括約肌附近，管壁由纖維組織構成，管內有肉芽組織，故經久不愈。
一般單純性肛瘻只有一個內口和一個外口，這類最多見。若外口暫時封閉，局部引流不暢，則又逐漸發生紅腫，再將形成膿腫，封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口。如此反覆發作，便病變範圍擴大或有時造成幾個外口，與內口相通，這種肛瘻稱爲複雜性肛瘻，即有一個內口與多個外口。但有人認爲，複雜性肛瘻不應以外口的多少劃分，而是指主要管道累及肛管直腸環或環以上者。雖然這種肛瘻只有一個外口及一個內口，但治療比較複雜，故稱爲複雜性肛瘻。相反，有時肛瘻雖有多個外口，但治療並不複雜。
肛瘻的病理表現有外口、瘻管、支管、內口組成。
①外口：是肛門周圍膿腫破潰或切開的口，在肛門周圍的皮膚上，多數距肌門約2～3cm。其距肛門遠近不定，數目不一，可凹陷，也可突起；可伴有肉芽組織，紅紫色，潛行性邊緣，形狀整齊，且外口較大者多爲結核性瘻管。
②瘻管：連接內口與外口的管道，形狀各異，可有一個，也可有多個分支。
③支管：主瘻管引流不暢，或反覆感染，均可發生很多支管。探清支管對手術效果極爲重要。
④內口：是肛門感染形成肛門周圍膿腫的入口，多數在肛竇附近，80%在肛管後正中線兩側的肛竇發生。由坐骨直腸窩和肛門部來的血管，在肛管後方正中線兩側進入直腸，感染常沿血管周圍蔓延，因此，內口多在肛管後部中線兩側。
