多數肛瘻是不會癌變的，但仍有少數肛瘻病人可發展爲惡性病變，特別是近年來，有關肛瘻十年以上惡變爲癌的報道增多。介紹，肛瘻病癌變的原因主要是下面這三個。
1、長期的慢性炎症刺激。炎症的長期存在，使得膿性分泌物及糞便從瘻管排出，從而刺激組織細胞異常增生，導致惡性病變。
2、細菌感染。細菌長期存在於瘻管內，特別是綠膿桿菌或結核桿菌感染，可不愈，從而導致癌變。
3、藥物刺激。長期、大量使用各種局部外用藥，經常刺激局部，導致癌變。
