肛瘻大多數是肛周膿腫的後遺症。其主要表現爲肛門周圍的外瘻口不斷地有少量膿性分泌物排出，刺激周圍皮膚，引起瘙癢不適。當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿性液體不能排出，即形成膿腫。此時可出現直腸肛管周圍膿腫的症狀，並有不同程度的局部紅腫、疼痛、發熱、全身乏力。膿腫自行破潰或切開引流後，症狀才慢慢消失。這種由於引流不暢形成的膿腫，往往是“疼痛--流膿--緩解”反覆出現，這是肛瘻臨牀表現的特點。肛瘻的內口不消除，便會反覆發作，久治不愈，因此肛瘻的治療關鍵在於準確找到內口。
雖然，從大量的臨牀資料來看，多數肛瘻是不會癌變的。但不可否認，仍有少數肛瘻病人可發展爲惡性病變，特別是近年來，有關肛瘻10年以上惡變爲癌的報道逐年增多。
肛瘻導致癌變的原因，大致有以下3個方面：
①長期的慢性炎症刺激。炎症的長期存在，使得膿性分泌物及糞便從瘻管排出，從而刺激組織細胞異常增生，導致惡性病變。
②細菌感染。細菌長期存在於瘻管內，特別是綠膿桿菌或結核桿菌感染，可纏綿不愈，從而導致癌變。
③藥物刺激。長期、大量使用各種局部外用藥，經常刺激局部，導致癌變。
