1.內口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流，但原發感染源，肛竇炎或肛腺感染仍可繼續存在，腸腔內容物也可從內口繼續進入瘻管。
2.肛門部不能靜養。膿腔不易粘合：排糞、排尿時，因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌，使肛門括約肌經常處於痙攣狀態。
3.腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘻管，刺激管壁，使管壁結締組織增生變厚，管腔難以閉合。
4.膿腔引流不暢，或外口縮小，時閉時潰。膿液蓄積腔內，導致膿腫再發，並穿破而形成新的支管或竇道。
5.管道多在不同高度穿插過肛門括約肌。括約肌收縮阻礙膿液排出，以致引流不暢。除此之外，結核、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肛管或者腸癌和腹股溝淋巴肉芽腫等，也是形成肛瘻的病因。
