肛瘻發生的早期階段，感染一般侷限於肛周1個間隙，隨着感染加重。膿腔壓力增高，感染播散至其他間隙，如向對側通道擴散會形成馬蹄形肛瘻，通常出現在肛門後部，或者在前部通過會陰體播散，或向內外括約肌間問隙播散，形成高位經括約肌瘻和括約肌卜瘻。這峯擴散發乍越頻繁，瘻管的位置就越高，它們會同時發生從而使治療更加複雜
1、局部感染的擴散
肛瘻發生的早期階段，感染一般侷限於肛周1個間隙，隨着感染加重。膿腔壓力增高，感染播散至其他間隙，如向對側通道擴散會形成馬蹄形肛瘻，通常出現在肛門後部，或者在前部通過會陰體播散，或向內外括約肌間問隙播散，形成高位經括約肌瘻和括約肌卜瘻。這峯擴散發乍越頻繁，瘻管的位置就越高，它們會同時發生從而使治療更加複雜。
2、其他有關疾病的因素
複雜肛瘻經常伴發其他全身系統性疾病，如克羅恩病累及肛門導致克羅恩病肛門，肛周多發瘻管;也可由局部因素造成，如骶前囊腫繼發感染、化膿性汗腺炎，切開引流導致的“肛瘻 ”，雖反覆切開掛線，但傷口仍不能癒合。還有患者因其他系統性疾病而影響傷口癒合，如糖尿病、腫瘤化療、血液病等，使簡單肛瘻長期不能癒合，也是導致複雜肛瘻的原因之一。
3、人爲因素導致肛瘻複雜
人爲兇素導致肛瘻複雜化，臨牀遇到的十分困難的高位複雜性肛瘻無一例外地均有多次手術史。每一次針對性不強、日的不明確的手術都有可能使本已十分困難的問題變得更加複雜化。肛瘻術中探查不仔細、人爲造成內口或遺留殘餘支管等因素都可以造成簡單肛瘻複雜化。
因此應強調術前仔細檢查，包括特殊檢查如經會陰或直腸超聲、CT/MRI、瘻道造影等均有助於判斷瘻道走行和內口位置。但也不能忽略術中探查。簡單的探針檢奩町提高肛瘻 治療的準確性。另外，在瘻管切除或切開過程中，注意分辨瘻道走行可減少遺留支管。
