肛瘻多爲肛門直腸周圍膿腫潰破或切開後所遺留的慢性感染的管道，一般只有一個內口和一個外口，也有多發性的，稱爲複雜性肛瘻。肛瘻多不能自行癒合，因爲內口持續開放，不斷有糞便及細菌侵入，造成感染，使管壁纖維化，加上管壁彎曲狹窄，引流不暢。即使外口皮膚癒合也只是暫時性的，故多反覆發作。膿腫破潰或切開後不能癒合，最終形成瘻管，其主要原因：
①肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反覆感染，形成瘻道。
②瘻道彎曲、或有竇、分支，引流不通暢，膿液瀦留，反覆感染，造成瘻道不易癒合。
③瘻道多在肛門括約肌之間通過，由於括約肌經常不斷地收縮與舒張，壓迫瘻道，影響膿液的排除，容易貯膿感染而難以癒合。
④肛門靜脈迴流不暢，局部經常淤血，組織營養不良，影響癒合。
⑤直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘻道，刺激腔壁，繼發感染後由外口排出，也是造成瘻道的原因。
⑥結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
⑦肛門直腸周圍膿腫破潰後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合。
肛瘻的診斷不困難，但要正確地尋找到瘻管的走向、瘻管的內口卻是不太容易的。因此，掌握正確的檢查方法非常重要。
①肛竇鉤檢查：以窺器伸入肛門，可見有紅腫炎症的肛竇，內口多在此處。用肛竇鉤反覆檢查肛竇，不難找到內口。探時忌用暴力，以免穿破正常肛竇，造成新的感染內口。
②探針檢查：用探針從瘻外口伸入瘻管，食指伸入肛管，多數探針可在齒線處的內口穿出。對瘻道彎曲者，探針多不能順利穿過，切忌用力過猛，使探針穿破瘻管壁，造成新的感染。
③美藍標記：將一塊適中的紗布放置於肛門內，而後將5%的亞甲藍水溶液由外口注入瘻管，然後輕輕將紗布拉出，觀察內口的位置。爾後，用窺器擴開肛門，在齒狀線附近，着色最顯着處，以肛竇鉤或探針探查，多數可發現內口。
④其他：如X線檢查、肛管壓力測定等檢查方法，較少用，有條件者也可採用。
