關於嬰幼兒容易患肛瘻的病因， 目前尚不完全明瞭。中醫認爲嬰兒胎熱瘀血滯結或胎前孕母積熱致胞熱，生後受風邪纏綿於大腸或肛門溼寒氣凝，怒叫氣結聚於下而成癰腫，破潰成瘻。
現代醫學認爲：
（1） 小兒骶骨曲尚未形成，兩側坐骨結節距離較近，加之肛門內括約肌緊張度較弱，因此糞便易直接壓迫肛管處齒線，肛竇粘膜擦破，易使細菌侵入致病;女孩因直腸前面有子宮，壓迫直腸，與成人直腸屈曲相似。故發病低於男孩。
（2） 小兒常因尿布皮炎，刺激肛門周圍皮膚，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛門周圍皮下膿腫與肛竇相通，而成肛瘻。 （3） 新生兒，尤其是男孩受母體激素失調的影響，使皮脂腺分泌亢進，引起肛門皮脂腺炎。感染形成肛周皮下膿腫與肛竇相通，而致肛瘻。
（4） 近年來，有人認爲新生兒生理性缺乏免疫球蛋白G（IgG）、免疫球蛋白A（IgA）等，免疫機能不全，因此易發生肛門感染，形成肛瘻。
