肛瘻的多發性，可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀胱瘻，危及周圍臟器。並且肛瘻有惡變傾向即肛瘻能轉變成癌症。肛瘻合併肛門直腸癌的病例近年來不斷增多。
肛瘻癌變以黏液腺癌佔大多數。一般認爲癌變與長期慢性炎症的刺激有關。硬結形成，黏液分泌及疼痛常爲癌變的先兆，值得人們引起高度的重視。從大量的臨牀資料來看，導致肛瘻癌變的原因有以下幾個方面：
（1）長期的慢性炎症刺激：長期的炎症存在，使得膿性物以及糞便從瘻管排出，從而刺激細胞異常增生，導致惡性病變；
（2）細菌感染：細菌長期存在於瘻管內，特別是綠膿桿菌或結核桿菌感染，纏綿不愈，可導致癌變；
（3）藥物刺激：長期大量地使用各種局部外用藥，經常刺激局部，導致癌變。總之，肛瘻應早診斷、早治療、防止病久癌變。
