藥物治療抑鬱症是臨牀經常採用的一種簡單有效的方法，主要應遵循以下用藥原則，如難治性抑鬱症患者。
1、安全、耐受、經濟、有效原則
運用藥物治療抑鬱症，首先應從藥物的安全性、經濟性、有效性以及耐受性4個方面綜合考慮，制定適合患者的個體化用藥方案。如抗精神病藥物，雖對抑鬱症的治療具有一定調節作用，但在應用過程中應考慮患者是否表現偏執妄想等嚴重病症，且在藥物劑量以及時間上要保證用藥安全和耐受性，一般只在短時間內小劑量應用。再如抗抑鬱藥物常導致胃腸反應或焦慮等副作用，從安全性和有效性上考慮，一般在維持治療過程以一天一次、一次一片爲原則。另外，部分抑鬱症患者可能存在經濟壓力，所以在用藥過程中還應考慮藥物的經濟性，儘量選擇有效廉價的藥物，以免加重患者的精神負擔而影響治療效果。
2、聯合用藥原則
難治性抑鬱症患者在全部患病人羣中佔有20%的比例，此類患者一般需要3種抗抑鬱藥物同時應用方可有效，且要避免同類藥物疊加使用。另外，在服用抗抑鬱藥物的時候，常聯合應用安定類藥物，以緩解患者的焦慮、失眠等症狀。
