1、肛門靜脈迴流不暢，局部經常淤血，組織營養不良，影響癒合
2、瘻道彎曲、或有竇、分支，引流不通暢，膿液瀦留，反覆感染，造成瘻道不易癒合。
3、直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘻道，刺激腔壁，繼發感染後由外口排出，也是造成瘻道的原因。
4、肛門直腸周圍膿腫破潰後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合。
5、瘻道多在肛門括約肌之間通過，由於括約肌經常不斷地收縮與舒張，壓迫瘻道，影響膿液的排除，容易貯膿感染而難以癒合。
6、肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反覆感染，形成瘻道。
7、結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
大部分肛瘻由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿後形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在癒合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易癒合，日久後腔道周圍有許多疤痕組織，形成慢性感染性管道。行走在內外括約肌附近，外口皮膚生長較快，常有假性愈性，引起反覆發作。管道的感染多數爲膿性感染，少數爲結核性。
