臨牀上藥源性腹痛並非罕見，約佔用藥副作用的20%。一般情況下，藥源性腹痛不一定造成嚴重的後果，但對某些疾病的患者往往可使病情惡化或出現新的合併症，如胰腺炎、僞膜性腸炎、藥物性胃炎、潰瘍及出血等。導致藥源性腹痛的藥物種類較多，且與用藥途徑有一定的關係，尤以口服藥對消化道的直接刺激或/和毒性作用較易引起腹痛，因此，不能不引起廣泛的重視。
廣而言之，凡是能刺激胃腸道，到胃腸功能紊亂的藥物，或引起腹膜炎和腹腔臟器損害的藥物，一旦用藥不當，都可引起不同程度的腹痛和其它合併症。具體情況如下：
1.促使腸蠕動加快的藥物
抗膽鹼酯酶藥物如新斯的明、毒扁豆鹼、酶抑寧等，抗高血壓藥物中的腎上腺素能神經阻滯劑如酚妥拉明、妥拉唑啉等，腦垂體後葉素及嗎啡類藥物等，都具有不同程度使胃腸道蠕動加快，甚至引起平滑肌痙攣的作用，可由此引起腹痛、便急及膽絞痛等急性腹痛症狀。
2.引起腸蠕動減弱的藥物
抗高血壓藥物中的神經節阻滯劑如美加明、六羥季胺，抗膽鹼藥如阿托品、氯丙嗪、三環抗抑鬱劑、苯海拉明等，如果長期或過量用藥，都能引起腸道平滑肌鬆弛，蠕動變慢，導致腹脹、腹痛、便祕甚至麻痹性腸梗阻。
3.中毒性肝炎
引起肝損害的藥物並不少見，抗生素中的四環素、土黴素、氯林可黴素，抗結核藥物異煙肼、利福平及解熱鎮痛藥等，由於長期應用，其毒性作用可使肝區不適或出現肝區痛，應及早發現，及早處理，以防嚴重的後果出現。
4.胰腺炎
長期過量應用利尿劑如速尿、雙氫克尿塞、氯噻嗪和抗高血壓藥中的甲基多巴以及皮質激素等，可於用藥數週後引起急性胰腺炎發生，表現爲劇烈腹痛、噁心、嘔吐、上腹部壓痛，但肌緊張不明顯，重者可出現休克，因而用上述藥物期間，遇有急性腹痛應想到藥源性胰腺炎。
