時至今日沒有完美療法
子宮內膜異位後，機體的巨噬細胞在發病部位充當“警察”角色，抑制排卵、促使提供營養的黃體溶解、影響輸卵管蠕動，在吞噬有害細胞的同時，也損傷了外來的精子，激發自身免疫反應的同時，也排斥受精卵，從而造成不育。
許多患者依賴藥物，只能暫時緩解症狀，卻無法根除。
同時，由於長期服藥，幾乎所有的藥物都有不良反應，這會使患者過早絕經、骨質疏鬆，還可能損傷皮膚和肝臟，單純用藥療效也不肯定，並且可出現男性化傾向。
如果把患者的機體比成一座樓，深在盆腔的病變就如同佈滿各種重要管道的地下室一樣，交錯着動、靜脈血管和神經。
如果病變危害到深部盆腔，產生無法消除的包塊，帶來難忍的劇烈疼痛，藥物治療不見好轉，這時，就需要考慮手術治療。
在腹腔鏡下實施手術，應儘量徹底清除病變組織，但是，有些異位的內膜肉眼無法看清，活檢也呈陽性，病變部位粘連嚴重，神經血管交錯，無法實施手術。因此，無法清除的病竈很容易使病症復發。
實施子宮腺肌症病竈清除術，既可消除痛經、減少月經量，又可保全子宮，做完整女人。所以，治療需要遵循去病竈、減輕症狀、促生育、防復發的原則，儘量減少對患者身體的傷害。
