HIV直接侵犯人體的免疫系統，破壞人體的細胞免疫和體液免疫。它主要存在於感染者和病人的體液（如血液、精液、陰道分泌物、乳汁等）及多種器官中，它可通過含HIV的體液交換或器官移植而傳播。HIV對外界環境的抵抗力弱，高溫、乾燥和一般常用消毒劑均可殺滅HIV。
現已證實HIV是嗜T4淋巴細胞和嗜神經細胞的病毒。HIV由皮膚破口或粘膜進入人體血液，主要攻擊和破壞的靶細胞T4淋巴細胞（T4淋巴細胞在細胞 免疫系統中起着中心調節作用，它能促進B細胞產生抗體），便得T4細胞失去原有的正常免疫功能。當激活免疫反應的T4細胞幾乎全部被HIV消除，T4細胞抑制細胞在數量上巨增，相反病人體內T4細胞在數量上驟減，從而導致病人的免疫功能全部衰竭，爲條件性感染創造了極爲有利的條件。
HIV對神經細胞有親合力，能侵犯神經系統，引起腦組織的破壞，或者繼發條件性感染而致各種中樞神經系統的病變。
HIV和其它逆轉錄病毒一樣，當逆轉錄酶使病毒的RNA作爲模板合成DNA而成前病毒DNA整合到宿主細胞的DNA中時，HIV帶有的致癌基因可使細胞發生癌性轉化，特別是在細胞免疫遭到破壞，喪失免疫監視作用的情況下，細胞癌變更易發生。
