流膿是主要症狀，膿液多少與瘻管長短，多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。
由於引流不暢，膿腫反覆發作，也可潰破出現多個外口。較大較高位的肛瘻，常有糞便或氣體從外口排出。檢查時外口常爲一乳頭狀突起或是肉芽組織的隆起，擠壓有少量膿液排出，多爲單一外口，在肛門附近。也有多個外口，外口之間皮下瘻管相通，皮膚髮硬並萎縮。也有多個外口位於兩側，瘻管成“馬蹄形”，直腸指診在病變區可觸及硬結或條索狀物，有觸痛，隨索狀物向上探索，有時可捫及內口。
若外口不整齊，不隆起，有潛行邊緣，肉芽灰白色或有乾酪樣稀薄分泌物，應懷疑爲結核性肛瘻。
