肛瘻初期流膿較多，色黃而稠，糞臭味重。久之，膿液逐漸減少，時有時無，稀淡如水，如果過於疲勞，則膿液增多，可有糞便流出。有時瘻管外口可暫時封閉，但不久病人又會出現發燒、局部腫痛，封閉的外口可再度穿破，待膿液流出後症狀才逐漸消失。
但是，隨着肛瘻病情的加重，患者久而久之還會出現一些其它症狀甚至是全身症狀，主要有：
1、瘙癢
由於膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮溼不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成溼疹。
2、排便不暢
複雜性肛瘻瘻口長期不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。
3、全身症狀
