經研究表明，我國肝癌的發生主要與乙型和丙型肝炎病毒感染、黃麴黴素、飲水污染等有關，一些農藥、肝吸蟲、遺傳、嗜等也可能與肝癌的發病有關。具體而言，以下因素與肝癌發生有關。
1、病毒性肝炎 現知乙型肝炎與肝癌有密切關係，其次爲近年確定的丙型肝炎。肝癌病例HBsAg陽性率可高達81.82％。國外報告，在肝癌高發地區有60％～90％的肝癌來自HBV。近年報道，在HBV陽性的肝癌患者可見HBV基因整合到肝癌細胞DNA中。因之認爲HBV是肝癌發生的重要因素。最近，HCV的感染也被認爲可能是肝癌發生的病原因素之一。據報道，在日本有70％，在西歐有65％～75％的肝癌患者發現HCV抗體陽性。
2、肝硬變 肝硬變與肝癌之間有密切關係。據統計，一般需經7年左右肝硬變可發展爲肝癌。其中以壞死後性肝硬變爲最多，肝炎後肝硬變次之，門脈性肝硬變最少。
3、真菌及其毒素 黃麴黴菌、青黴菌、雜色麴黴菌等都可引起實驗性肝癌。其中以黃麴黴菌（aspergillus flavus）最爲重要。用該菌或其毒素（aflatoxin），或被其污染的食物均可誘發動物肝癌。在肝癌高發區，食物被黃麴黴菌污染的情況往往也較嚴重。
4、亞硝胺類化合物 從肝癌高發區南非居民的食物中已分離出二甲基亞硝胺。此類化合物也可引起其它處腫瘤如食管癌。
5、病毒感染。晚近資料表明，發展中國家肝癌患者的HBsAg陽性率大於50%，而發達國家肝癌患者的抗─HCV陽性率大多高於50%，因此推測HBV感染可能是發展中國家的主要病因：而丙型肝炎病毒則是發達國家肝癌的主要病因。
6、化學致癌物質。黃麴黴毒素B1是超劇毒物質，其致癌性比奶油大900倍，可誘發所有動物發生肝癌。其它如氯乙烯、二氧化釷、二乙基亞硝胺等均有一定的致癌性。
7、酒精中毒。酒精中毒可致酒精性脂肪肝、酒精性肝炎、酒精性肝硬化。在酒精性肝炎或肝硬變時，枯否氏細胞減少，可增加肝細胞癌變的發生。
8、微量元素。低硒、鉬、錳、鋅，高鐵、砷、鎳等都可能與肝癌的發生有一定的關係。
9、藥物。某些藥物有累積效應，起到致癌作用。
10、飲水污染：研究表明，肝癌發生與飲水污染有密切的關係，現已發現有百餘種有機物爲致癌、促癌和致突變物：如六氯苯、苯並芘、多氯聯苯、氯仿、二溴乙烷、二氯乙烯、氯乙烯、苯並熒蒽、四氯甲烷、茚並芘等。另外，遺傳在原發性肝癌的發生中也具有一定的作用。
病理
（一）巨體分型 根據國內500例肝細胞肝癌屍檢材料分析：
1.塊狀型 370例（74%），癌塊直徑在5cm以上，超過10cm者爲巨塊型。此型又可區分爲單塊、多塊和融合塊狀3個亞型。腫塊邊緣可有小或散在的衛星結節。
2.結節型 111例（22.2%），癌結節最大直徑不超過5cm。此型又可區分爲單結、多結節和融合結節3個亞型。有時結節旁有細小的癌結節。
3.瀰漫型 13例（2.6%），癌結節較小，瀰漫地分佈於整個肝臟而與肝硬化不易區別。
4.小癌型 6例（1.2%）。單結節腫瘤直徑＜3cm，或相鄰兩個癌結節直徑之和＜3cm。患者無臨牀症狀，但血清AFP陽性，腫瘤切除後降至正常。
膽管細胞性肝癌的癌腫大多爲單個腫塊，因有較多結締組織間質，色澤灰白，質堅實，且趨向於向四周不規則浸潤。
（二）組織學分型
1.肝細胞型 大多型肝硬化。癌細胞呈多角形，核大，核仁明顯，胞質豐富。癌細胞排列成巢狀或索狀，癌巢之間有豐富的血竇。癌細胞有向血竇內生長趨勢。腫瘤分化程度按Edmonsn氏標準分四級，以ⅡⅢ級爲多，但同一病例可呈現不同的分化程度。纖維板層樣癌（fibrolamellar carcinoma of the liver）是新近注意的一類型肝細胞癌，包繞癌巢有板層狀纖維，手術切除率高，以年輕人多，預後較普通型癌爲好。
2.膽管細胞型 細胞呈立方或柱狀，排列成腺體。癌細胞多來自膽管上皮，也有來自大膽管的。
3.混合型 部分組織形態似肝細胞，部份似膽管細胞，有些癌細胞呈過渡形態。
早期肝癌的病理特點：腫瘤分化程度和腫瘤大小多呈正相關。微小肝癌多分化良好，Edmonson Ⅰ級佔75%，隨腫瘤增大癌細胞DNA干係水平從二倍體向異倍體方向發展。
電鏡下，分化較好的肝細胞肝癌的癌細胞結構與肝細胞相似，胞質中有較多線粒體，粗麪內質網和核糖體顆粒增多，尚可見糖原顆粒和毛細血管。細胞核體積增大，核質比例增大，核膜喪失滑性，皺褶增多至陷窩形成，核質不均勻，核仁增大不規則。分化較差者膜上絨毛和毛細膽管減少或消失，線粒體數減少，可出現平行的長嵴，內質網也少，糖原顆粒消失，核明顯不規則，反映細胞未分化狀態。
