小三陽患者的情況並不比大三陽簡單，應根據具體情況進行綜合分析。乙肝小三陽應檢查HBV-DAN及肝功能，如果HBV-DAN（+）且肝功能異常，說明病毒複製，傳染性強，應該採取以抗病毒爲主的綜合治療。
目前治療乙肝比較有效的藥物有α-干擾素、日達仙、拉米夫定、泛昔洛維、胸腺-5肽等，但這種治療結果大都限於HBVDNA陰轉及減少纖維化，而對其它抗原（包括抗體HBcIgG，IgM）的進一步陰轉影響不大。少數抗-HBe陽性的慢活肝，沒有病毒複製證據，可能病毒已清除，但自身免疫反應持續發展。本類病人對抗病毒治療及免疫抑制治療均可能無效。
如果乙肝兩對半爲小三陽，HBV-DAN（應採用PCR及斑點法同時檢測;最好經肝活檢證實））爲（-）且肝功能、B超及AFP等均長期正常，則說明病毒已清除，無傳染性，只所以乙肝三系仍表現爲小三陽狀態，可能是因爲機體免疫系統的記憶性延續（有如癒合後的傷口留下的疤痕一樣），這種延續甚至會持續終生。所以已無需隔離與治療;因爲目前尚無可在此類小三陽基礎上進一步治療乙肝的公認的而有效的藥物;一味追求轉陰而服用大量治療性中西藥物只會增加肝臟負擔甚或招致不良後果。
這類乙肝小三陽患者是可以結婚、生育與健康人一樣生活、工作和學習的，所謂減少壽命一說是毫無科學根據的。鑑於此類型小三陽患者病毒雖已清除但體內可能存在着乙肝病毒易感基因，故若配偶乙肝三系均爲陰性則應儘早注射乙肝疫苗，以期產生抗體［HBsAb］後再結婚、生育爲妥。此前性生活男方應使用避孕套爲上。生育後嬰兒應在醫生指導下注射乙肝疫苗、乙肝免疫球蛋白。
